[日本語] English
万見
- PDB-6ep8: InhA Y158F mutant in complex with NADH from Mycobacterium tuberculosis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ep8
タイトルInhA Y158F mutant in complex with NADH from Mycobacterium tuberculosis
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / mycolic acid biosynthetic process / therapeutic target / isoniazid / mutation / catalytic mechanism / enoyl thioester reductases / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wagner, T. / Voegeli, B. / Rosenthal, R.G. / Stoffel, G. / Shima, S. / Kiefer, P. / Cortina, N. / Erb, T.J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: InhA, the enoyl-thioester reductase fromMycobacterium tuberculosisforms a covalent adduct during catalysis.
著者: Vogeli, B. / Rosenthal, R.G. / Stoffel, G.M.M. / Wagner, T. / Kiefer, P. / Cortina, N.S. / Shima, S. / Erb, T.J.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,24713
ポリマ－28,8211
非ポリマー1,42612
水4,756264
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,98952
ポリマ－115,2844
非ポリマー5,70448
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area28270 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.273, 98.273, 139.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28821.057 Da / 分子数: 1 / 変異: Y158F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The 6-His tag has been cleaved by the thrombin.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組織: / / Cell: / / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 器官: / / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 276分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: Bi-pyramidal shaped
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Thrombin cleaved InhA at 10 mg/ml with 3 to 10 mM of NADH was crystallized in a 24-well crystal plate, Combiclover Junior (Jena Bioscience). The best crystals appeared in drops of 2 ul of ...詳細: Thrombin cleaved InhA at 10 mg/ml with 3 to 10 mM of NADH was crystallized in a 24-well crystal plate, Combiclover Junior (Jena Bioscience). The best crystals appeared in drops of 2 ul of enzyme solution, 1 ul of the reservoir solution and 1 ul of distilled water. The reservoir solution contained 100 mM HEPES/NaOH pH 7.5, 50 mM sodium citrate pH 6.5, 7-9 % 2-methyl-2,4-pentanediol. Crystals appeared typically within two to three weeks in this condition.
PH範囲: 7.5 / Temp details: 287 to 293 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.07244 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.61 Å / Num. obs: 37644 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 5382 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 1.24 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TRO

4tro


解像度: 1.8→42.553 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1751 1884 5.02 %
Rwork0.1454 --
obs0.1468 37562 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 92 264 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1293026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1661335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84870.31111340.23612684X-RAY DIFFRACTION100
1.8487-1.90310.26411420.20442682X-RAY DIFFRACTION100
1.9031-1.96450.22011570.18612687X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.03470.1991420.16332690X-RAY DIFFRACTION100
2.0347-2.11620.21061350.1512699X-RAY DIFFRACTION100
2.1162-2.21250.15651470.13912706X-RAY DIFFRACTION100
2.2125-2.32910.1671330.12452731X-RAY DIFFRACTION100
2.3291-2.4750.1811420.12422738X-RAY DIFFRACTION100
2.475-2.66610.14211440.1382735X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.93440.17751320.13282756X-RAY DIFFRACTION100
2.9344-3.35880.15631530.14082780X-RAY DIFFRACTION100
3.3588-4.23110.1581490.13292818X-RAY DIFFRACTION100
4.2311-42.56530.17911740.1552972X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4729-0.01060.06021.97880.95191.09710.08320.1085-0.0802-0.1473-0.21960.3708-0.1211-0.77140.02370.1635-0.0081-0.02030.5943-0.04460.3264-8.3725-40.840216.6173
21.38080.2695-0.06121.5405-0.30431.20940.0084-0.15230.18650.1365-0.03280.3749-0.2292-0.79760.05760.20210.0886-0.00530.6122-0.04230.3469-7.2972-32.508324.881
36.85980.8459-0.28482.5502-1.11611.3444-0.02091.15990.0331-1.16280.22050.77360.058-0.8199-0.00130.62560.0246-0.04780.3960.04380.344216.122-20.89978.5998
41.66120.4317-0.22731.3461-0.1551.69520.0069-0.0350.03810.0325-0.01410.1334-0.1711-0.29410.00140.15020.0208-0.01390.2402-0.02630.22059.067-33.140223.9338
51.06390.01010.47610.93110.57262.0102-0.03950.2360.1968-0.23460.07320.1046-0.2335-0.26060.10420.2282-0.0159-0.02910.36220.03130.32356.8629-37.137911.257
60.738-0.17040.46082.782-0.8552.6216-0.23880.28470.1379-0.34590.0505-0.1565-0.12750.05090.08030.2902-0.0762-0.04330.42260.02010.291713.9298-41.5922.9461
71.14870.01130.45511.26580.11352.1914-0.0010.082-0.0019-0.0242-0.020.04710.1021-0.23980.0140.1688-0.0582-0.00720.2443-0.01060.246310.0385-48.523719.7959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 99 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 208 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 209 through 235 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 236 through 269 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る