+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eoj | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PolyA polymerase module of the cleavage and polyadenylation factor (CPF) from Saccharomyces cerevisiae | ||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / WD40 / Beta-propeller / Zinc finger / 3'end processing | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / : / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / termination of RNA polymerase II transcription / mRNA processing / mitochondrion / RNA binding ...: / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / : / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / termination of RNA polymerase II transcription / mRNA processing / mitochondrion / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Casanal, A. / Kumar, A. / Hill, C.H. / Emsley, P. / Passmore, L.A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of eukaryotic mRNA 3'-end processing machinery. 著者: Ana Casañal / Ananthanarayanan Kumar / Chris H Hill / Ashley D Easter / Paul Emsley / Gianluca Degliesposti / Yuliya Gordiyenko / Balaji Santhanam / Jana Wolf / Katrin Wiederhold / Gillian L ...著者: Ana Casañal / Ananthanarayanan Kumar / Chris H Hill / Ashley D Easter / Paul Emsley / Gianluca Degliesposti / Yuliya Gordiyenko / Balaji Santhanam / Jana Wolf / Katrin Wiederhold / Gillian L Dornan / Mark Skehel / Carol V Robinson / Lori A Passmore / ![]() 要旨: Newly transcribed eukaryotic precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) are processed at their 3' ends by the ~1-megadalton multiprotein cleavage and polyadenylation factor (CPF). CPF cleaves pre-mRNAs, ...Newly transcribed eukaryotic precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) are processed at their 3' ends by the ~1-megadalton multiprotein cleavage and polyadenylation factor (CPF). CPF cleaves pre-mRNAs, adds a polyadenylate tail, and triggers transcription termination, but it is unclear how its various enzymes are coordinated and assembled. Here, we show that the nuclease, polymerase, and phosphatase activities of yeast CPF are organized into three modules. Using electron cryomicroscopy, we determined a 3.5-angstrom-resolution structure of the ~200-kilodalton polymerase module. This revealed four β propellers, in an assembly markedly similar to those of other protein complexes that bind nucleic acid. Combined with in vitro reconstitution experiments, our data show that the polymerase module brings together factors required for specific and efficient polyadenylation, to help coordinate mRNA 3'-end processing. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 358.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 280 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3908MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 15.4 TB Data #1: Polished shiny particles [picked particles - multiframe - processed] Data #2: Unaligned super-resolution movies [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 153577.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CFT1, YHH1, YDR301W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06632 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 24560.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YTH1, YPR107C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06102 |
#3: タンパク質 | 分子量: 53636.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PFS2, YNL317W, N0348 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P42841 |
#4: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Cft1, Yth1, Pfs2 and Fip1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.27 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil UltrAuFoil | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 4227 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 460167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77197 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |