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- PDB-6emy: Structure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, Y379F) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6emy
タイトルStructure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, Y379F) in complex with transposon right end DNA
要素
  • DNA (20-MER)
  • DNA (26-MER)
  • Int protein
キーワードRECOMBINATION / transposase protein-DNA complex / tyrosine recombinase / Y-transposase / Tn916-like conjugative transposon / antibiotic resistance transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, Tn916-type, N-terminal DNA binding / DNA binding domain of tn916 integrase / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily ...Integrase, Tn916-type, N-terminal DNA binding / DNA binding domain of tn916 integrase / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Int protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schulz, E.C. / Rubio-Cosials, A. / Barabas, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Transposase-DNA Complex Structures Reveal Mechanisms for Conjugative Transposition of Antibiotic Resistance.
著者: Rubio-Cosials, A. / Schulz, E.C. / Lambertsen, L. / Smyshlyaev, G. / Rojas-Cordova, C. / Forslund, K. / Karaca, E. / Bebel, A. / Bork, P. / Barabas, O.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Int protein
B: Int protein
C: DNA (20-MER)
E: DNA (20-MER)
F: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7046
ポリマ－100,7046
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18220 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area39470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.230, 121.681, 77.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Int protein / Integrase


分子量: 36270.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q7BP35
#2: DNA鎖 DNA (20-MER)


分子量: 6050.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Transposon right end DNA / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8030.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Transposon right end DNA with 6nt single stranded 5' overhang in the crossover region
由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.1861.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法13% (v/v) PEG 3350, 0.25 M NaCl
2932蒸気拡散法13% (v/v) PEG 3350, 0.25 M NaCl

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)10.977315
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)20.977315
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M1PIXEL2013年9月28日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2013年9月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9773151
21
反射

Biso Wilson estimate: 57.351 Å2 / Entry-ID: 6EMY

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)Rsym value
2.5-45.384191696.53.80.9990.0650.039111.7
2.8-506125197.13.50.99428.790.109
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible allRsym value
2.5-2.643.80.8351.661870.6590.493198
2.8-2.873.51.3546180.547298.20.988

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→38.597 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 23.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 4185 5.24 %
Rwork0.1605 --
obs0.1625 41894 93.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5038 1791 0 234 7063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76710006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7462814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.54320.30292050.29843834X-RAY DIFFRACTION91
2.5432-2.58940.30922070.29253926X-RAY DIFFRACTION90
2.5894-2.63920.3242010.2843858X-RAY DIFFRACTION90
2.6392-2.69310.28612020.27443780X-RAY DIFFRACTION88
2.6931-2.75160.2751880.27383617X-RAY DIFFRACTION84
2.7516-2.81560.29712070.263945X-RAY DIFFRACTION92
2.8156-2.8860.29032030.25953888X-RAY DIFFRACTION91
2.886-2.96390.2722090.24663900X-RAY DIFFRACTION91
2.9639-3.05110.25922020.24083876X-RAY DIFFRACTION91
3.0511-3.14950.24872060.21883899X-RAY DIFFRACTION90
3.1495-3.2620.20562050.19153846X-RAY DIFFRACTION90
3.262-3.39250.23911970.17743711X-RAY DIFFRACTION86
3.3925-3.54670.19971990.163884X-RAY DIFFRACTION92
3.5467-3.73350.17012050.16153909X-RAY DIFFRACTION91
3.7335-3.96710.15682080.1353899X-RAY DIFFRACTION90
3.9671-4.27290.15342020.12913751X-RAY DIFFRACTION87
4.2729-4.70190.15721850.12163567X-RAY DIFFRACTION84
4.7019-5.37990.12931960.12273758X-RAY DIFFRACTION88
5.3799-6.76940.15861840.13533486X-RAY DIFFRACTION81
6.7694-34.05980.13781840.11073454X-RAY DIFFRACTION80
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0464-0.33120.1634.3636-0.5751.67160.22440.5069-0.0466-0.5617-0.15380.7469-0.0946-0.3575-0.02420.44550.0891-0.08010.5059-0.01670.5412-96.336337.436765.3926
21.463-0.25460.65621.699-0.38940.1464-0.13430.04620.3409-0.0111-0.0856-0.1481-0.53450.25850.25780.5045-0.0271-0.02970.55080.06310.8033-89.758746.480573.6051
32.7420.69840.64052.73750.5542.17750.1551-0.1739-0.23430.4797-0.1782-0.29870.02880.01830.05910.45140.0057-0.0020.31180.03250.3451-79.681618.238491.7899
41.22021.207-0.52321.3176-0.57442.1930.1583-0.07390.24530.3712-0.14910.1457-0.3129-0.13470.02870.52570.00790.03120.4045-0.06010.4322-77.289437.394891.8429
53.32273.81516.08464.31796.9152.0729-0.46340.33420.7916-0.8581-0.53850.994-0.5669-0.2521.18440.68560.0011-0.08230.80760.05280.6605-72.971854.329747.4679
60.828-0.1777-0.60013.45710.64791.36050.10260.6435-0.2951-0.7296-0.10640.27780.3164-0.03430.08050.63440.0228-0.02740.5992-0.150.4907-63.415844.72645.8377
78.9786-1.33742.45183.4858-0.73813.4875-0.00560.6093-0.1629-0.0947-0.27640.57520.2937-0.11280.2820.6963-0.08850.13590.5868-0.11070.4088-69.969543.685853.4314
80.01720.4448-0.09571.04360.38433.1294-0.34410.0778-0.103-0.1070.01890.1125-0.1401-0.23870.40810.64250.0138-0.03210.4743-0.07480.7417-63.334538.933758.1793
94.33690.0252-0.04072.14270.71831.7508-0.1354-0.38720.54010.63750.3004-0.5612-0.12560.482-0.1060.55420.0256-0.12770.4861-0.02170.8334-40.260558.838777.3807
101.7329-0.1114-0.58121.5711-2.04486.51220.0141-0.156-0.01130.2718-0.0278-0.0034-0.5362-0.29640.08980.5030.04610.08470.3695-0.01360.4712-59.31464.929874.186
113.4070.2426-0.71342.2381-0.14033.722-0.1695-0.2990.69880.46880.0949-0.4602-0.1670.3862-0.09940.48150.0108-0.08070.3747-0.01290.5426-49.916172.044274.2764
124.6529-3.65134.36594.5999-3.95024.31310.4504-0.3828-0.4804-0.2606-0.299-0.19640.22370.2463-0.01160.4012-0.01280.05090.48750.07050.9001-39.357256.585367.3041
131.53221.2219-0.86452.3253-1.14131.56240.1422-0.1111-0.35110.1695-0.357-0.2878-0.14870.08630.21190.4597-0.02140.0040.42930.0150.5549-56.778743.462880.3628
142.0351-1.8509-3.63375.75490.4348.902-0.1416-0.91150.4916-0.33840.28410.11510.3329-0.7621-0.35140.9934-0.16950.16031.1312-0.07791.1845-110.523920.0739109.7095
153.72341.6941-1.46453.4356-0.18020.71020.1906-0.27610.01780.3298-0.34160.40980.185-0.05210.08870.4681-0.05210.12450.48110.01090.5956-94.905127.767883.858
162.0110.8124-5.08486.3078-2.70512.0138-1.22660.2031-0.2278-0.7032-0.5989-0.4910.09781.03451.54930.9312-0.00160.32981.51240.69771.9451-21.80862.955753.0647
172.02770.30520.89461.8445-0.38490.6376-0.18260.49560.5221-0.2849-0.0442-0.36580.24570.26260.1510.55130.00370.19480.5020.03740.8037-49.062557.116158.4558
183.80022.631-2.79441.9327-2.03332.07550.232-0.0424-0.4570.7143-0.30960.64840.0807-0.3184-0.01720.5679-0.14340.23180.5031-0.12540.8354-72.320248.77964.5208
195.81872.2031-0.46940.9863-0.39410.3807-0.85060.2455-0.0082-0.75580.264-1.51860.26540.31240.46590.58580.08570.28860.87950.23671.4628-34.735960.905356.7192
207.79183.7857-0.7471.8474-0.34920.04690.48680.4208-0.2726-0.72050.32-1.9162-1.24662.1538-0.58970.7272-0.34830.25131.2083-0.07931.1926-77.800337.064366.9669
213.9440.8096-0.5222.6824-0.88182.01910.0861-0.44340.02740.33770.05430.86840.196-0.5055-0.19760.50380.00390.16450.53560.05050.716-96.702127.534385.4248
223.97-0.3301-1.92161.29020.74684.53860.1815-0.76820.44150.55430.5139-0.33080.756-1.0205-0.69391.3172-0.15180.18130.88290.05141.2112-108.941219.8382108.2672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 165 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 166 through 192 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 314 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 315 through 397 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 82 through 99 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 165 through 194 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 195 through 222 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 223 through 275 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 276 through 314 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 315 through 332 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 333 through 397 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -19 through -12 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid -11 through -1 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid -18 through -14 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid -13 through -1 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 0 through 9 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 10 through 24 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 0 through 7 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 8 through 16 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 17 through 25 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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