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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococcus kodakaraensis. | ||||||
![]() | tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Trm10 / Dual specificity enzymes / SPOUT / MTases | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, R.K. / Versees, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme fromThermococcus kodakaraensisprompts reconsideration of its catalytic mechanism. 著者: Singh, R.K. / Feller, A. / Roovers, M. / Van Elder, D. / Wauters, L. / Droogmans, L. / Versees, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 264.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22422.598 Da / 分子数: 3 / 変異: C120A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TK0422 / プラスミド: pet28b 詳細 (発現宿主): bacterial expression vector with T7lac promoter 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5JD38, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10% PEG6000, 0.2M LiCl and 0.1M NaAc pH 5.5 / PH範囲: 5.5-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å / Num. obs: 24345 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 55.0685253935 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1132 / Rpim(I) all: 0.02533 / Rrim(I) all: 0.1161 / Net I/σ(I): 20.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2406 / CC1/2: 0.577 / Rpim(I) all: 0.4367 / Rrim(I) all: 1.9996 / % possible all: 98.12 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Crystal structure of TkTrm10 construct ( to be deposited) 解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å / SU ML: 0.312147629251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38327623631 / 位相誤差: 26.7597516415
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.9272527311 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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