PDB-6emu: Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6emu

タイトル

Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococcus kodakaraensis.

要素

tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Trm10 / Dual specificity enzymes / SPOUT / MTases

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity /

tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29745444787 Å

データ登録者

Singh, R.K. / Versees, W.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme fromThermococcus kodakaraensisprompts reconsideration of its catalytic mechanism.
著者: Singh, R.K. / Feller, A. / Roovers, M. / Van Elder, D. / Wauters, L. / Droogmans, L. / Versees, W.

履歴

登録	2017年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6emu.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6emu.ent.gz	179.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6emu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6emsC 6emtC 6emvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hcj-d 6emv-1 3akp-1 6emv-3 1g4k-1 6emv-2 6k9x-d 2ift-2 3tfy-2 3d6e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

B: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

C: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

ヘテロ分子

68.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.084, 71.084, 191.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase / tRNA(m1G9/m1A9)-methyltransferase / tRNA(m1G9/m1A9)MTase 分子量: 22422.598 Da / 分子数: 3 / 変異: C120A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK0422 / プラスミド: pet28b 詳細 (発現宿主): bacterial expression vector with T7lac promoter 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q5JD38, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10% PEG6000, 0.2M LiCl and 0.1M NaAc pH 5.5 / PH範囲: 5.5-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å / Num. obs: 24345 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 21 % / B_iso Wilson estimate: 55.0685253935 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1132 / R_pim(I) all: 0.02533 / R_rim(I) all: 0.1161 / Net I/σ(I): 20.55
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2406 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.4367 / R_rim(I) all: 1.9996 / % possible all: 98.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS	2015-10-15	データ削減
XDS	2015-10-15	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Crystal structure of TkTrm10 construct ( to be deposited)

解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å / SU ML: 0.312147629251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38327623631 / 位相誤差: 26.7597516415

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222729264961	1216	4.99753411146 %	Random
R_work	0.195472590493	-	-	-
obs	0.196891010953	24332	99.7581074987 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.9272527311 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29745444787→44.3625637794 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3986	0	93	78	4157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00200054821472	4165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.52478990995	5635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457912640862	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00257300626663	705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6241556608	2470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2975-2.3894	0.317748829423	132	0.30146673895	2514	X-RAY DIFFRACTION	98.2912332838
2.3894-2.4982	0.333203709231	134	0.281604947552	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.8146088246
2.4982-2.6299	0.343950765014	137	0.281047000586	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.8536942209
2.6299-2.7946	0.29407951563	134	0.251916326778	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.9627837737
2.7946-3.0103	0.252276499119	135	0.240701122805	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0103-3.3132	0.250186969601	136	0.220042997854	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3132-3.7924	0.20933296901	136	0.185427710673	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7924-4.7771	0.190106912281	136	0.156776104193	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7771-44.3708	0.187131202174	136	0.169918654429	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.8901903367

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6839588056	-1.54503359549	-2.76260854634	4.68459199463	0.844099413488	6.21062085326	0.0962736906878	0.120354185496	0.458501821121	0.0291551858696	0.201090331828	-0.217506573761	0.459783133145	-0.363325625065	-0.193384648176	0.363498452026	-0.0696794500927	-0.10297119365	0.47826677283	0.030058073963	0.479547964793	-6.94703862293	-26.1705345242	-12.2671244347
2	7.16740680348	0.24369686093	1.62705968136	3.55963079788	0.725139390439	6.66789101375	-0.0183125065742	-0.477629419079	-0.213942419671	0.255475178217	-0.0483293316088	0.228647895518	-0.112027719171	-0.83188514212	0.0333293246783	0.459554784167	0.0148239954547	-0.0734075311761	0.563893501106	0.133829838222	0.423681977455	-13.0156776599	-21.1889075657	-8.45191264458
3	6.57504582007	-0.800336740168	3.87000550882	2.07677303807	-0.922706923377	6.89109699627	0.142550954304	2.23697301285	1.07153046471	-0.376047084488	-0.404755003132	-1.41837875829	-0.780964009726	2.5594639324	0.189590880079	0.716259623489	-0.0975557480161	0.0798083834897	1.37210736808	0.251772699299	0.822506729196	3.70266213795	-17.6267939034	-13.1601247804
4	8.47064214521	-1.74207152319	5.13553796795	5.49662312803	-1.13701881322	7.33044645148	-0.248968273433	-0.122642199655	0.275856683454	0.101887418333	0.00563963211495	-0.11049913266	-0.734318887771	-0.0230176334816	0.19738846371	0.423682118393	-0.0306591600592	-0.0812811542008	0.439833218529	-0.0345738537351	0.332676597752	-3.62915478273	-18.3350198309	0.0934704576087
5	4.81699687521	-4.92352653478	-5.55678439564	6.74485856773	4.10721155037	8.10185756047	-0.197278567722	-0.0410329889579	0.365020708318	0.677668040628	0.346664207167	-0.59931834123	1.15267632352	-0.0770161565071	-0.0231296984041	0.558091121183	-0.0120405316437	-0.100192276965	0.385718741668	0.0254658230217	0.435871944791	17.5210799147	-39.3392004858	-1.01210602439
6	7.04269687229	-2.51270176579	0.974951958105	9.23130360335	1.16347210529	9.76213985658	-0.0457761015939	-0.339596000677	-1.12902613296	0.583731015464	0.109989601201	0.764237962246	1.91050913273	-0.275901626449	0.0226965532767	0.804386183895	-0.0525307913258	-0.0148833817172	0.428021796524	0.0855309957124	0.667181174706	17.362907674	-46.8757615849	0.594484969246
7	4.38873071109	-2.40062768906	2.54908299273	4.25476505949	-3.17884898054	9.36506593051	-0.142155982775	0.151707809784	0.233786626251	0.103214275075	0.00107578792618	-0.376637029172	-0.0734625327919	0.805201575826	0.151323611627	0.388720708523	-0.0216622748345	-0.0118974691076	0.446236477185	-0.0136578961812	0.392060705238	25.4550883533	-36.1059836962	-11.2502662058
8	6.00163612955	0.184874014716	-1.02329695089	9.45206536526	-0.791734001684	6.91351533573	0.387549616611	0.472043281457	1.05684074037	0.175165130964	0.274175737431	0.875478736025	-0.216119605099	-1.18316316649	-0.498700473306	0.447459015172	-0.104814634343	0.0981847167184	0.654221750199	0.242933669912	0.59791554232	9.25180895748	-15.5503178526	-34.3323633541
9	6.72270050623	-0.895797512631	1.70411685228	2.55516258859	-2.26516159225	2.25932641853	0.296267148859	0.273462713672	0.240444002936	0.355270991081	0.579546896948	1.03499921905	0.665790666669	-1.19105045814	-0.709167517564	0.593503588014	-0.136871567207	0.0523762513464	0.84660660694	0.209519799119	0.68751553742	5.0218255177	-20.0130520458	-33.231997851
10	5.62451766671	-5.10862235391	4.7854349284	4.66068050383	-4.37271362384	4.08675675504	-0.734257894278	0.381926420266	-0.0867839281993	0.692841357877	1.16619036195	1.69289911158	-0.886558813755	-1.19441206462	-0.440905941297	0.702835066566	-0.00537470140037	0.0353171492284	1.02903833264	0.379901623264	0.908392549703	1.83924152736	-21.5066253241	-32.1412616142
11	9.53238157207	4.32833237197	-4.79342589028	4.02049174364	-4.24667469191	4.46657168996	-0.442677141398	0.486842710995	0.0443200006486	-0.756935130497	0.111859976644	-0.334473533208	0.850368111392	0.345206944524	0.309388779876	0.594432725014	-0.0509811280487	0.0438588825005	0.620949998816	0.0477291732152	0.457464824815	18.2946446027	-27.0994261054	-40.2755041984
12	6.21575133741	-1.73362060314	-3.64639116901	7.97674224126	-4.71825053317	6.96753553495	-0.272381124946	0.360189017483	0.230346271755	-0.243720076853	0.208023183633	-0.707941129174	0.210379418642	0.0725404119798	-0.0858974106424	0.449135697945	-0.155099855449	0.0432632248361	0.570994936838	0.130701855394	0.399365177038	18.8102231683	-20.2581860195	-39.4806189677
13	4.09911429566	0.546086359621	-2.91526759377	5.97463910449	-3.82689269643	6.19657717737	-0.139919066769	0.669609272525	0.546810747439	-0.274164787247	0.301461169713	0.111637644991	0.250804724166	-0.295899741471	-0.211657787125	0.419706877807	-0.107265112334	-0.0172194217484	0.744781426988	0.179802529491	0.505198156892	17.4961393356	-16.5268142414	-46.9510005352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 98 through 131 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 202 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 203 through 214 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 215 through 272 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 98 through 132 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 133 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 159 through 272 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 99 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 133 through 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 152 through 165 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 166 through 190 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 191 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 219 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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