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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emo | ||||||
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タイトル | Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - JPO2 (aa 1-32) complex | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein,LEDGF/p75 IBD-JPO2 M1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / protein-protein complex / epigenetics / leukemia | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin / nuclear periphery / euchromatin / fibrillar center / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / response to oxidative stress / chromatin remodeling / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Veverka, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Affinity switching of the LEDGF/p75 IBD interactome is governed by kinase-dependent phosphorylation. 著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / ...著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / Christ, F. / Rezacova, P. / Hodges, H.C. / Debyser, Z. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6emo.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6emo.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6emo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6emo_validation.pdf.gz | 556.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6emo_full_validation.pdf.gz | 1016.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6emo_validation.xml.gz | 92.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6emo_validation.cif.gz | 154.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yi9C 6empC 6emqC 6emrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15694.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475, UniProt: Q96GN5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-JPO2 M1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O Label: CN_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM / Label: c1 / pH: 7 / 圧: arbitrary Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40 |