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- PDB-6emj: FAB Fragment. AbVance: Increasing our knowledge of antibody struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6emj
タイトルFAB Fragment. AbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in antibody drug discovery
要素
  • fAB heavy chain
  • fAb light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / fAB FRAGMENT / AbVance project / Pistoia Alliance
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Benz, J. / Weigand, S. / Dengl, S. / Schlothauer, T. / Auer, J. / Ehler, A. / Kettenberger, H. / Lorenz, S. / Hirschheydt, T. / Georges, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in antibody drug discovery
著者: Benz, J. / Georges, G.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fAB heavy chain
B: fAb light chain
H: fAB heavy chain
L: fAb light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2685
ポリマ－96,2454
非ポリマー231
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area36810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.480, 73.869, 76.920
Angle α, β, γ (deg.)69.34, 78.05, 70.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 fAB heavy chain


分子量: 24570.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 fAb light chain


分子量: 23552.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 20 %w/v PEG 6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.79 Å / Num. obs: 44080 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 54.42 Å2 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rsym value: 0.947 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house fAB

解像度: 2.3→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2221 5.04 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.168 44079 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2041 Å2-5.253 Å21.0117 Å2
2---3.2595 Å22.1539 Å2
3----1.9446 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6568 0 1 346 6915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016734HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.179174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2216SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes147HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes977HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6734HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion888SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7269SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 160 4.96 %
Rwork0.2147 3063 -
all0.2175 3223 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01031.0089-0.39070.9576-0.26720.9749-0.0190.1958-0.1615-0.11960.039-0.0943-0.0318-0.0009-0.02-0.03430.07070.0043-0.0022-0.0186-0.0538-13.9445-17.8664-11.8367
21.6377-0.0420.11820.7648-0.06860.471-0.0257-0.08910.0488-0.03250.03060.1399-0.00440.0142-0.0049-0.0490.07040.0273-0.0458-0.0071-0.1167-28.2693-13.15-0.78
31.5088-1.40340.05611.54270.08340.9949-0.0738-0.2084-0.11050.10430.10140.1667-0.0524-0.0035-0.0277-0.081-0.03690.06250.0012-0.0111-0.0403-43.9497-3.898131.2444
41.8347-1.03730.21571.5497-0.14590.89-0.05760.0521-0.13490.02780.059-0.00690.00930.0826-0.0014-0.0729-0.00490.0536-0.0759-0.0382-0.0689-29.9467-6.61718.7961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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