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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of JNK3 in complex with a pyridinylimidazole inhibitor | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 10 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Protein Kinase Activity Map Kinase Activity ATP Binding Protein Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Macedo, J.T. / Stehle, T. / Blaum, B.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Omega / 年: 2018 タイトル: Structural Optimization of a Pyridinylimidazole Scaffold: Shifting the Selectivity from p38 alpha Mitogen-Activated Protein Kinase to c-Jun N-Terminal Kinase 3. 著者: Ansideri, F. / Macedo, J.T. / Eitel, M. / El-Gokha, A. / Zinad, D.S. / Scarpellini, C. / Kudolo, M. / Schollmeyer, D. / Boeckler, F.M. / Blaum, B.S. / Laufer, S.A. / Koch, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6emh.cif.gz | 586.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6emh.ent.gz | 483.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6emh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6emh_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6emh_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6emh_validation.xml.gz | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6emh_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42260.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase |
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-非ポリマー , 8種, 883分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BGE / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Bis-Tris pH5.5, 200 mM NaCl, 29% PEG 3350, 1mM AMP-PCP, 0.4 mM Zwittergent 3-14, 10% Ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 157963 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.4 % / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 22.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4X21 解像度: 1.76→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS /
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.76→48.01 Å
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拘束条件 |
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