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- PDB-6elc: Crystal Structure of O-linked Glycosylated VSG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6elc
タイトルCrystal Structure of O-linked Glycosylated VSG3
要素Variant surface glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / trypanosome / VSG / sleeping sickness / antigen
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / side of membrane / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Stebbins, C.E.
資金援助 米国, 英国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085973 米国
Wellcome Trust101842 英国
Wellcome Trust097045 英国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: African trypanosomes evade immune clearance by O-glycosylation of the VSG surface coat.
著者: Pinger, J. / Nesic, D. / Ali, L. / Aresta-Branco, F. / Lilic, M. / Chowdhury, S. / Kim, H.S. / Verdi, J. / Raper, J. / Ferguson, M.A.J. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8633
ポリマ－53,9341
非ポリマー9292
水8,557475
1
A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,5909
ポリマ－161,8033
非ポリマー2,7876
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area14420 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area41540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.854, 129.854, 129.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1053-

HOH

21A-1116-

HOH

31A-1137-

HOH

41A-1145-

HOH

51A-1162-

HOH

61A-1170-

HOH

71A-1171-

HOH

81A-1175-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein / VSG3 MITat1.3 VSG224


分子量: 53934.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVK1
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of the protein with an equilibration buffer consisting of 16-22% polyethylene glycol (PEG) molecular weight 3350 Da, 200-325mM NaCl, and ...詳細: Hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of the protein with an equilibration buffer consisting of 16-22% polyethylene glycol (PEG) molecular weight 3350 Da, 200-325mM NaCl, and 100mM Tris pH 8.2 (tris(hydroxymethyl)aminomethane)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9194 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→91.82 Å / Num. obs: 68683 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 19.1 / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2732 / CC1/2: 0.407 / Rpim(I) all: 0.725 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSJune 17, 2015データ削減
XDSJune 17, 2015データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→91.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.036 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16921 3462 5.1 %RANDOM
Rwork0.13003 ---
obs0.13193 64954 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.41→91.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 61 475 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.9773761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05136026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2475354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75325.877114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62715445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2681512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5531.9311422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5531.9291421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1572.9051774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1562.9061775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7172.4071340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7172.4071340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3323.4571988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.60418.6963706
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.2817.6893454
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.91735373
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.2475117
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.40255684
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.446 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 215 -
Rwork0.24 3859 -
obs--79.38 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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