[日本語] English
万見
- PDB-6ekt: Structure of P47 from Clostridium botulinum A2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ekt
タイトルStructure of P47 from Clostridium botulinum A2
要素p-47 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipid binding
機能・相同性Clostridium P47 protein / Clostridium P-47 protein / Protein P47
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Berntsson, R.P. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
European Molecular Biology OrganizationGA-2010- 267146 スウェーデン
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of OrfX2 and P47 from a Botulinum neurotoxin OrfX-type gene cluster.
著者: Gustafsson, R. / Berntsson, R.P. / Martinez-Carranza, M. / El Tekle, G. / Odegrip, R. / Johnson, E.A. / Stenmark, P.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: p-47 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0741
ポリマ－50,0741
非ポリマー00
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.470, 38.927, 82.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 p-47 protein


分子量: 50073.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2) (ボツリヌス菌)
株: Kyoto / Type A2 / 遺伝子: p47, CLM_0895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1FUH7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M BisTris, 22-31% PEG3000 (+/- 10 mM BaCl2)
PH範囲: 4.9-5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→39.37 Å / Num. obs: 46996 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.716 % / Biso Wilson estimate: 34.349 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.75-1.852.6820.91.5274201.11597.1
1.85-1.982.7320.439371250.54199.4
1.98-2.142.7280.215.9266850.2699.3
2.14-2.342.7410.1279.1161030.15799.2
2.34-2.622.740.07114.455520.08999
2.62-3.022.7310.03924.1548990.04998.5
3.02-3.692.7180.02240.2741280.02797.9
3.69-5.22.6890.01554.5232330.01897.6
5.2-39.372.60.01257.7518510.01695.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.86 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.122
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 2350 5 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.1998 44643 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 35.238 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å21.08 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 0 298 3675
Biso mean---40.54 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9444708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.44525.774168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04115627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.446158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022612
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.793 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 164 -
Rwork0.341 3121 -
all-3285 -
obs--94.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.0728 Å / Origin y: -16.1854 Å / Origin z: 18.6902 Å
111213212223313233
T0.0398 Å2-0.0564 Å20.0143 Å2-0.1037 Å2-0.0226 Å2--0.0082 Å2
L2.2658 °20.2513 °2-1.5707 °2-0.1184 °2-0.185 °2--1.2324 °2
S0.1433 Å °-0.3556 Å °0.1136 Å °0.0152 Å °-0.0456 Å °0.0103 Å °-0.1533 Å °0.2844 Å °-0.0977 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る