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- PDB-6ekp: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ekp
タイトルTryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand
要素Trp operon repressor
キーワードTRANSCRIPTION / Ligand Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Herud-Sikimic, O. / Juergens, G. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationHO 4022/2-3 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A biosensor for the direct visualization of auxin
著者: Herud-Sikimic, O. / Stiel, A.C. / Kolb, M. / Shanmugaratnam, S. / Berendzen, K.W. / Feldhaus, C. / Hocker, B. / Juergens, G.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trp operon repressor
B: Trp operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7205
ポリマ－27,1192
非ポリマー6013
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.035, 63.123, 64.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Trp operon repressor


分子量: 13559.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 Calcium Chloride 0.1M Bis-Tris pH 6.5 30% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→41.904 Å / Num. obs: 39396 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.292 % / Biso Wilson estimate: 23.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.46-1.54.1290.8231.927440.8010.93993.6
1.5-1.544.2260.5962.6827690.8840.67897.6
1.54-1.584.0330.4693.3326990.90.53797.3
1.58-1.634.380.3454.5526260.940.39198.4
1.63-1.684.4760.2476.1625480.970.27998.5
1.68-1.744.4330.1957.7425120.9790.2298.9
1.74-1.814.3370.13410.3824300.9880.15299.4
1.81-1.884.0530.10212.8523180.9930.11799.3
1.88-1.974.4510.07517.3122580.9970.08599.2
1.97-2.064.5380.0562321440.9980.06499.6
2.06-2.174.4640.04228.5220550.9980.04799.6
2.17-2.314.3070.03533.6319650.9980.03999.6
2.31-2.464.1180.03136.8218210.9990.03599.6
2.46-2.664.5520.02842.2717200.9990.03299.8
2.66-2.924.4360.02744.4315920.9990.03199.9
2.92-3.264.2170.02647.0514500.9990.0399.9
3.26-3.764.0250.02648.8612800.9980.02999.3
3.76-4.614.3480.02652.3211080.9980.0399.6
4.61-6.523.9460.02549.928640.9990.02899.3
6.52-41.9043.8190.03249.644930.9970.03895.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.46 Å41.9 Å
Translation1.46 Å41.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tro

1tro


解像度: 1.46→41.904 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 1970 5 %
Rwork0.1721 --
obs0.173 39386 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.97 Å2 / Biso mean: 39.1988 Å2 / Biso min: 18.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→41.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 57 250 1983
Biso mean--29.97 45.44 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4972370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.447687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4577-1.49420.32921300.32162473260393
1.4942-1.53460.29651380.26482614275298
1.5346-1.57980.27561370.25432613275097
1.5798-1.63070.26921380.22642618275698
1.6307-1.6890.25861380.2142631276999
1.689-1.75670.21311410.20232673281499
1.7567-1.83660.20331400.18692655279599
1.8366-1.93340.21731410.192926792820100
1.9334-2.05460.21841420.1762700284299
2.0546-2.21320.1691420.163526932835100
2.2132-2.43590.16561420.154127022844100
2.4359-2.78830.18781440.162827402884100
2.7883-3.51270.16881460.162227672913100
3.5127-41.92150.18111510.16252858300999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.82731.53016.41151.77911.43255.81660.0284-0.57470.0375-0.02-0.11020.31130.0488-0.32930.07130.2434-0.00660.02630.25690.00910.25031.6503-19.7858-8.2203
21.4349-1.1342-0.00047.4564-1.17431.1597-0.0377-0.13730.16050.0214-0.0269-0.5378-0.00470.0930.04780.1565-0.00120.00890.26670.0230.22219.046-10.2491-8.4204
37.6752-1.5641-3.54782.11250.93335.1549-0.1230.0880.6527-0.50320.1574-1.1008-0.21030.47890.02290.3859-0.0330.0830.41860.0660.549521.54987.5532-16.0981
48.60093.2885-3.83358.4407-4.60843.20930.10450.24860.2608-0.56780.18750.20610.0027-0.2335-0.28050.26990.0225-0.00470.27680.02040.24878.71482.442-15.267
52.08353.8155-1.02798.2091-3.35349.49380.3857-0.28510.08750.8909-0.2079-0.4046-0.79340.3986-0.09260.3271-0.01190.03070.3065-0.05610.28739.47471.76240.3926
64.00321.428-5.48242.0259-1.05026.6435-0.0751-0.67650.1474-0.09240.0298-0.40140.02680.57910.01550.2164-0.00990.0010.3054-0.00080.316926.2845-8.4689-6.4879
71.314-0.2794-0.0066.191.69551.40410.0133-0.1471-0.00750.0138-0.11460.20220.0717-0.10480.14020.156-0.01020.01450.22060.00980.15468.2323-17.6818-9.5468
85.74241.12581.08724.39511.00773.92610.05210.3659-0.3081-0.3071-0.04510.06310.1549-0.25650.03540.24450.01640.03710.234-0.03010.183812.4332-31.7004-19.0504
92.23341.82161.99948.73840.5715.80460.13270.0154-0.22620.50360.00930.39910.6343-0.4948-0.06880.2835-0.0247-0.02670.27090.06670.215915.953-31.1944-1.75
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 31 )A4 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 63 )A32 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 78 )A64 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 91 )A79 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 105 )A92 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 31 )B - C3 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 63 )B - C32 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 91 )B - C64 - 91
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 92 through 106 )B - C92 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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