ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0158精密化 | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | SHELXDE | | 位相決定 | XDS | | data processingBUCCANEER | | モデル構築 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→36.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.104 立体化学のターゲット値: CCP4 geometric library, version 4.11 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.24 | 492 | 4.6 % | RANDOM |
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Rwork | 0.188 | - | - | - |
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obs | 0.1921 | 10766 | 89.68 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 52.61 Å2 / Biso mean: 17.7017 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.61 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 0.78 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.17 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.28 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 838 | 0 | 15 | 139 | 992 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.016 | 0.019 | 957 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0 | 0.02 | 855 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.778 | 1.968 | 1302 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg3.782 | 3 | 1979 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.786 | 5 | 126 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.778 | 21.064 | 47 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.653 | 15 | 160 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg17.777 | 15 | 15 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.108 | 0.2 | 130 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.02 | 1106 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.013 | 0.02 | 229 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.337 | 1.498 | 468 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_other1.304 | 1.492 | 467 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.947 | 2.236 | 594 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.205 | 33 | - |
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Rwork | 0.193 | 661 | - |
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all | - | 694 | - |
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obs | - | - | 78.51 % |
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