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- PDB-6ejs: Nuclease NucB from Bacillus licheniformis in P212121 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejs
タイトルNuclease NucB from Bacillus licheniformis in P212121 space group
要素Nuclease
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNAse / metal dependent
機能・相同性Deoxyribonuclease NucA/NucB / Nuclease
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.A.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0109 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2015043 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of novel nuclease NucB from Bacillus licheniformis
著者: Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.H.
履歴
登録2017年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2904
ポリマ－12,0011
非ポリマー2883
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The enzyme forms dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area6110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.534, 47.414, 56.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclease


分子量: 12001.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: putative EC 3.1.21.1
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: nucB, BL00126 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q65J43
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
Preparation: SAD phase problem was solved with the data collected at 1.9 A wavelength, while the presented structure is refined against the 0.9184 A dataset
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.9,0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射モノクロメーター: 2 MIRROR AND DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.91
20.91841
反射解像度: 1.6→47.41 Å / Num. obs: 10804 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2
詳細: SAD phase problem was solved with the data collected at 1.9 A wavelength, while the presented structure is refined against the 0.9184 A dataset
CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Num. unique obs: 448 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.142 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
XDSdata processing
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→36.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.104
立体化学のターゲット値: CCP4 geometric library, version 4.11
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 492 4.6 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.1921 10766 89.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.61 Å2 / Biso mean: 17.7017 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å2-0 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数838 0 15 139 992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.019957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.9681302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.78231979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77821.06447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65315160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7771515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3371.498468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3041.492467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9472.236594
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 33 -
Rwork0.193 661 -
all-694 -
obs--78.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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