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- PDB-6ejp: Yersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejp
タイトルYersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound
要素(Yop proteins translocation protein ...) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AUTOCLEAVAGE / TYPE III SECRETION SYSTEM / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
secretion proteins EscU / name from scop / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B8E / PHOSPHATE ION / Yop proteins translocation protein U
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Ho, O. / Sunduru, N. / Elofsson, M. / Wolf-Watz, M. / Schuler, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Yersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound
著者: Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Ho, O. / Sunduru, N. / Elofsson, M. / Wolf-Watz, M. / Schuler, H.
履歴
登録2017年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yop proteins translocation protein U
C: Yop proteins translocation protein U
B: Yop proteins translocation protein U
D: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,59811
ポリマ－34,7604
非ポリマー8387
水28816
1
A: Yop proteins translocation protein U
C: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8767
ポリマ－17,3802
非ポリマー4965
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Yop proteins translocation protein U
D: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7224
ポリマ－17,3802
非ポリマー3422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.740, 69.650, 242.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-502-

PO4

21C-502-

PO4

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要素

-
Yop proteins translocation protein ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Yop proteins translocation protein U


分子量: 6832.867 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, UNP residues 211-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yscU, YPCD1.47, y5031, y0034, YP_pCD36 / プラスミド: PGEX / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69986
#2: タンパク質 Yop proteins translocation protein U


分子量: 10547.121 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 264-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yscU, YPCD1.47, y5031, y0034, YP_pCD36 / プラスミド: PGEX / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69986

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-B8E / methyl 2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-4-yl)ethanoate


分子量: 247.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13NO2S
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M potassium dihydrogen phosphate, 0.8 M disodium hydrogen phosphate, 0.1 M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→44.8 Å / Num. obs: 16706 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 68.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.48→2.63 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Num. unique obs: 2613 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JLI

2jli


解像度: 2.48→23.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9175 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8956 / SU R Cruickshank DPI: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 832 5 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2162 16636 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.9696 Å20 Å20 Å2
2---2.0355 Å20 Å2
3---18.0051 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.385 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.48→23.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2324 0 51 16 2391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0122412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.23246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1161SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes331HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2412HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion310SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2648SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.65 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 147 5 %
Rwork0.2487 2792 -
all0.2501 2939 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5668-0.2205-0.51551.54411.21433.98390.10760.1458-0.13730.0574-0.17040.1670.1471-0.06320.0628-0.1846-0.0286-0.0001-0.09270.0184-0.0798-13.0264-7.854656.9018
21.0709-0.0206-0.85940.4465-0.0832.1784-0.1269-0.0084-0.1164-0.01640.19850.1296-0.0137-0.3598-0.07150.01980.0076-0.0218-0.11380.0138-0.1303-22.15521.72014.8933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|211-263 }A211 - 263
2X-RAY DIFFRACTION1{ C|364-450 }C364 - 450
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|213-263 }B213 - 263
4X-RAY DIFFRACTION2{ D|364-453 }D364 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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