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万見
- PDB-2pfu: NMR structure determination of the periplasmic domain of ExbD fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfu
タイトルNMR structure determination of the periplasmic domain of ExbD from E.coli
要素Biopolymer transport exbD protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ExbD / TonB system / proton motive force / periplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis ...energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #270 / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Garcia-Herrero, A. / Peacock, S.R. / Howard, P.S. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: The solution structure of the periplasmic domain of the TonB system ExbD protein reveals an unexpected structural homology with siderophore-binding proteins.
著者: Garcia-Herrero, A. / Peacock, R.S. / Howard, S.P. / Vogel, H.J.
履歴
登録2007年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年9月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport exbD protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9061
ポリマ－10,9061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 20target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Biopolymer transport exbD protein


分子量: 10906.492 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic domain (residues 44-141) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ABV2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
1423D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2mM per-ExbD U-15N, 13C, 100% D2O, pH 3100% D2O, pH 3
20.2mM per-ExbD U-15N, 90% H2O/10% H2O, pH 390% H2O/10% H2O, pH 3
30.2mM per-ExbD, 100% D2O, pH 3100% D2O, pH 3
試料状態pH: 3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2GUNTERT, P. ET AL.精密化
CYANA2GUNTERT, P. ET AL.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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