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- PDB-6eiz: A de novo designed hexameric coiled coil CC-Hex2 with farnesol bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eiz
タイトルA de novo designed hexameric coiled coil CC-Hex2 with farnesol bound in the channel.
要素CC-Hex2
キーワードDE NOVO PROTEIN / Alpha-Helical Coiled-Coil Barrel
機能・相同性(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Burton, A.J. / Dawson, W.M. / Thomas, F. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, ベルギー, 5件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2012- 536 英国
European Research Council340764 ベルギー
Biotechnology and Biological Sciences Research Council/Engineering and Physical Sciences Research CouncilBB/L01386X1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/K03927X/1 英国
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2018
タイトル: De Novo-Designed alpha-Helical Barrels as Receptors for Small Molecules.
著者: Thomas, F. / Dawson, W.M. / Lang, E.J.M. / Burton, A.J. / Bartlett, G.J. / Rhys, G.G. / Mulholland, A.J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02019年2月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hex2
B: CC-Hex2
C: CC-Hex2
D: CC-Hex2
E: CC-Hex2
F: CC-Hex2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0287
ポリマ－19,8066
非ポリマー2221
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.080, 126.230, 58.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hex2


分子量: 3300.973 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-FOF / (2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / trans,trans-Farnesol / ファルネソ-ル


分子量: 222.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na HEPES, 4.3 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→26.345 Å / Num. all: 218674 / Num. obs: 19015 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 19015 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.416 / % possible all: 57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4pn8

4pn8


解像度: 1.85→26.345 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 861 4.9 %Random
Rwork0.221 ---
obs0.2229 17574 92.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1364 0 16 153 1533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0831839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8502-1.96610.3142760.30781710X-RAY DIFFRACTION57
1.9661-2.11780.33241550.2962891X-RAY DIFFRACTION98
2.1178-2.33080.31451640.24442975X-RAY DIFFRACTION100
2.3308-2.66780.28981360.23863006X-RAY DIFFRACTION100
2.6678-3.36010.26061550.20133011X-RAY DIFFRACTION100
3.3601-26.34760.21131750.19233120X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5391-0.30490.298.971-4.00724.51910.0297-0.0329-0.034-0.04520.09370.94610.0483-0.1931-0.12450.0782-0.02780.0020.2265-0.03560.114168.7831401.0959119.4698
21.9862-0.946-0.87486.66581.25762.9395-0.0335-0.5155-0.17740.8189-0.05010.20390.213-0.04770.07240.1512-0.06440.00630.39520.05680.120273.7691400.0452126.9194
32.8744-1.5757-0.11678.03331.44023.07940.2216-1.2415-0.09510.7038-0.0695-0.3920.29880.677-0.14160.12360.0286-0.07470.69090.23980.106682.5713400.1406126.2884
42.1947-0.2264-0.24035.57981.51171.91340.09-0.5741-0.1466-0.09680.0181-0.70520.18240.71-0.07010.13190.11220.00790.67980.14810.220986.678400.66118.4015
54.31334.8490.952.07011.85162.6149-0.07690.0584-0.0101-0.4796-0.0349-0.21850.19580.88250.05850.22440.17040.0190.50370.07590.202781.8854401.8647110.9165
63.66723.138-0.05198.0706-0.71352.5879-0.04880.39790.0598-0.5366-0.00820.40030.27080.44060.09870.21090.0821-0.02450.1642-0.02980.131472.7741401.5045111.4258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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