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- PDB-6eih: The crystal structure of 14-3-3 epsilon in complex with the phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eih
タイトルThe crystal structure of 14-3-3 epsilon in complex with the phosphorylated NELFE peptide
要素
  • 14-3-3 protein epsilon
  • SER-ILE-SEP-ARG
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 / NELF
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of hippo signaling / cytoplasmic sequestering of protein / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of membrane repolarization / NADE modulates death signalling ...: / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of hippo signaling / cytoplasmic sequestering of protein / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of membrane repolarization / NADE modulates death signalling / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Signaling by Hippo / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / phosphoserine residue binding / protein localization to nucleus / calcium channel regulator activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / HSF1 activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein targeting / calcium channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / signaling adaptor activity / RHO GTPases activate PKNs / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / protein sequestering activity / substantia nigra development / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / hippocampus development / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / mitochondrial membrane / neuron migration / cerebral cortex development / histone deacetylase binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MAPK cascade / protein localization / melanosome / MHC class II protein complex binding / cellular response to heat / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Akutsu, M. / Wagner, S.A. / Beli, P.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Emmy Noether Program5342/1-1 ドイツ
SFBSFB 1177 ドイツ
Marie Curie Career Integration Grant from the European Commission630763
LOEWE program Ubiquitin Networks ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: p38-MK2 signaling axis regulates RNA metabolism after UV-light-induced DNA damage.
著者: Borisova, M.E. / Voigt, A. / Tollenaere, M.A.X. / Sahu, S.K. / Juretschke, T. / Kreim, N. / Mailand, N. / Choudhary, C. / Bekker-Jensen, S. / Akutsu, M. / Wagner, S.A. / Beli, P.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly ...diffrn_source / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein epsilon
P: SER-ILE-SEP-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9142
ポリマ－26,9142
非ポリマー00
水724
1
A: 14-3-3 protein epsilon
P: SER-ILE-SEP-ARG

A: 14-3-3 protein epsilon
P: SER-ILE-SEP-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8274
ポリマ－53,8274
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.290, 81.186, 81.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein epsilon / 14-3-3E


分子量: 26371.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE / 発現宿主: unidentified plasmid (未定義) / 参照: UniProt: P62258
#2: タンパク質・ペプチド SER-ILE-SEP-ARG


分子量: 542.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% pentaerythritol propoxylate, 0.2M sodium thiocyanate, 0.1M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46 Å / Num. obs: 7463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 18.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 12.769 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.355
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 757 10.2 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1789 6692 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.54 Å2 / Biso mean: 50.554 Å2 / Biso min: 31.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 0 4 1859
Biso mean---40.78 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9822540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95734158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6135232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17724.48387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74715348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2431513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02404
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 48 -
Rwork0.216 484 -
all-532 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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