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- PDB-6eic: Crystal structure of Rv0183, a Monoglyceride Lipase from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eic
タイトルCrystal structure of Rv0183, a Monoglyceride Lipase from Mycobacterium Tuberculosis
要素Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
キーワードHYDROLASE / Monoglycerid Lipase / Lipase / Alpha/Beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerolipid catabolic process / acylglycerol lipase / lipase activity / monoacylglycerol lipase activity / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated activation of host apoptosis / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Monoacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Aschauer, P. / Pavkov-Keller, T. / Oberer, M.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP 24857 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of monoacylglycerol lipase from M. tuberculosis reveals the basis for specific inhibition.
著者: Aschauer, P. / Zimmermann, R. / Breinbauer, R. / Pavkov-Keller, T. / Oberer, M.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
A: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
B: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4088
ポリマ－90,8963
非ポリマー5135
水8,269459
1
C: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5133
ポリマ－30,2991
非ポリマー2142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4172
ポリマ－30,2991
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4793
ポリマ－30,2991
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.825, 85.825, 196.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-517-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase


分子量: 30298.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv0183 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07427
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.03M sodium nitrate, 0.03M di-sodium hydrogenphosphate, 0.03M ammonium sulfate, 0.1M MOPS/HEPES, 12% 2-Methyl 2,4 pentandiol, 12% PEG1000, 12% PEG3350. Microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.209 Å / Num. obs: 77304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4549 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.307 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.209 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 3805 4.93 %
Rwork0.2213 --
obs0.2227 77233 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6317 0 33 459 6809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.018841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3242356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8002-1.83130.43731630.3713689X-RAY DIFFRACTION96
1.8313-1.86460.33811690.32923646X-RAY DIFFRACTION96
1.8646-1.90040.33971680.30883642X-RAY DIFFRACTION96
1.9004-1.93920.31381900.28993640X-RAY DIFFRACTION95
1.9392-1.98130.28091660.26073659X-RAY DIFFRACTION96
1.9813-2.02740.31882100.25823634X-RAY DIFFRACTION95
2.0274-2.07810.29241790.25153634X-RAY DIFFRACTION95
2.0781-2.13420.27951890.24283649X-RAY DIFFRACTION95
2.1342-2.1970.25862120.2383664X-RAY DIFFRACTION95
2.197-2.26780.27312090.23143620X-RAY DIFFRACTION95
2.2678-2.34880.2711880.23313640X-RAY DIFFRACTION95
2.3488-2.44280.26632060.2293682X-RAY DIFFRACTION95
2.4428-2.55380.25071790.22463643X-RAY DIFFRACTION95
2.5538-2.68830.24632050.22573657X-RAY DIFFRACTION95
2.6883-2.85650.26312010.21893667X-RAY DIFFRACTION95
2.8565-3.07660.24541910.20923674X-RAY DIFFRACTION95
3.0766-3.38550.21562010.19943673X-RAY DIFFRACTION95
3.3855-3.87360.20771700.18143706X-RAY DIFFRACTION96
3.8736-4.87370.21112010.17363716X-RAY DIFFRACTION95
4.8737-24.02910.22842080.21033824X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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