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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eic | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rv0183, a Monoglyceride Lipase from Mycobacterium Tuberculosis | ||||||
![]() | Mycobacterium Tuberculosis Monoglyceride Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Monoglycerid Lipase / Lipase / Alpha/Beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / acylglycerol lipase / glycerolipid catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / lipase activity / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aschauer, P. / Pavkov-Keller, T. / Oberer, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of monoacylglycerol lipase from M. tuberculosis reveals the basis for specific inhibition. 著者: Aschauer, P. / Zimmermann, R. / Breinbauer, R. / Pavkov-Keller, T. / Oberer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 290.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 298.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30298.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv0183 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.03M sodium nitrate, 0.03M di-sodium hydrogenphosphate, 0.03M ammonium sulfate, 0.1M MOPS/HEPES, 12% 2-Methyl 2,4 pentandiol, 12% PEG1000, 12% PEG3350. Microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→49.209 Å / Num. obs: 77304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4549 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.307 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.209 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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