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- PDB-6eht: Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eht
タイトルModulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme
要素
  • (Proliferating cell nuclear ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • PCNA-associated factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural analysis / human PCNA P15 DNA macro complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / replisome / centrosome cycle / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / estrous cycle / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / mismatch repair / translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / response to UV / epithelial cell differentiation / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / base-excision repair, gap-filling / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / replication fork / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / liver regeneration / nuclear estrogen receptor binding / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / DNA replication / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / nuclear body / regulation of cell cycle / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PCNA-associated factor, histone-like domain / PCNA-associated factor / PCNA-associated factor histone like domain / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA ...PCNA-associated factor, histone-like domain / PCNA-associated factor / PCNA-associated factor histone like domain / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Proliferating cell nuclear antigen / PCNA-associated factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者De March, M. / Barrera-Vilarmau, S. / Mentegari, E. / Merino, N. / Bressan, E. / Maga, G. / Crehuet, R. / Onesti, S. / Blanco, F.J. / De Biasio, A.
引用
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of p15(PAF)-PCNA complex and implications for clamp sliding during DNA replication and repair.
著者: De Biasio, A. / de Opakua, A.I. / Mortuza, G.B. / Molina, R. / Cordeiro, T.N. / Castillo, F. / Villate, M. / Merino, N. / Delgado, S. / Gil-Carton, D. / Luque, I. / Diercks, T. / Bernado, P. ...著者: De Biasio, A. / de Opakua, A.I. / Mortuza, G.B. / Molina, R. / Cordeiro, T.N. / Castillo, F. / Villate, M. / Merino, N. / Delgado, S. / Gil-Carton, D. / Luque, I. / Diercks, T. / Bernado, P. / Montoya, G. / Blanco, F.J.
#2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of human PCNA sliding on DNA.
著者: De March, M. / Merino, N. / Barrera-Vilarmau, S. / Crehuet, R. / Onesti, S. / Blanco, F.J. / De Biasio, A.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
D: PCNA-associated factor
E: PCNA-associated factor
F: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1747
ポリマ－95,1747
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area38050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.993, 42.300, 141.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C
14D
24E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPROPROAA2 - 2532 - 253
21PHEPHEPROPROBB2 - 2532 - 253
12METMETPROPROAA1 - 2531 - 253
22METMETPROPROCC1 - 2532 - 254
13PHEPHEPROPROBB2 - 2532 - 253
23PHEPHEPROPROCC2 - 2533 - 254
14VALVALARGARGDD53 - 702 - 19
24VALVALARGARGEE53 - 702 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Proliferating cell nuclear ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 28036.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P12004
#2: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 28287.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA
発現宿主: Escherichia coli O103:H2 str. 12009 (大腸菌)
参照: UniProt: P12004

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 FG

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3109.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 2979.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 11分子 DE

#3: タンパク質・ペプチド PCNA-associated factor / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 9 / HCV NS5A-transactivated protein 9 / Overexpressed ...Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 9 / HCV NS5A-transactivated protein 9 / Overexpressed in anaplastic thyroid carcinoma 1 / OEATC-1 / PCNA-associated factor of 15 kDa / p15PAF / PCNA-clamp-associated factor


分子量: 2362.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15004
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% polyethylene glycol 3350 0.1 M sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→46.12 Å / Num. obs: 14271 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2122 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2G

4d2g


解像度: 3.2→40.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.835 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / SU B: 91.608 / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.721 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32715 716 5.1 %RANDOM
Rwork0.26063 ---
obs0.26401 13440 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.01 Å2-0 Å23.76 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----6.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 410 0 9 5925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0146055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.6038346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0211.71511593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6725797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54523.258178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.60215748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6141514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9642.4553203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9642.4553202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6523.6843995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6523.6843996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6544.1912852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6544.1872851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8066.2814352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.50736.4085626
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.50636.3975625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A51440.08
12B51440.08
21A55440.09
22C55440.09
31B51590.09
32C51590.09
41D3550.13
42E3550.13
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 53 -
Rwork0.281 1028 -
obs--98.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66580.62560.00111.6962-1.0273.1678-0.07250.15770.043-0.1003-0.0406-0.2006-0.14980.16690.11310.0467-0.027-0.08070.58370.05520.429753.34487.269733.8035
21.07430.953-0.73961.1385-0.83812.16960.17020.01660.0357-0.0084-0.27110.071-0.1623-0.04960.10090.19910.1122-0.17610.7656-0.03030.32913.8154.309714.8005
34.2529-0.35471.01611.3942-0.80471.96820.17480.2733-0.1551-0.1215-0.117-0.07820.19560.0159-0.05780.05630.0274-0.09270.3041-0.07730.252422.074-12.993254.2781
48.6433-3.2184-8.24281.45072.8848.0210.5594-0.2770.49220.1929-0.1335-0.0993-0.85310.4753-0.42590.7165-0.38930.02730.4289-0.01160.54668.8177-4.243456.9163
51.5118-0.5704-1.16185.68-2.38522.3536-0.10360.1320.4724-0.1584-0.0069-1.05120.1857-0.13470.11050.46260.08130.01570.3469-0.05180.557916.004422.468313.3566
62.6434-0.5984-0.061713.2789-0.581.84570.01550.21460.1903-0.202-0.1452-0.0661-0.1335-0.06790.12970.9947-0.06220.00671.48980.08180.941432.05382.325134.9201
75.251-3.9380.79447.0782-2.41740.97350.17720.2934-0.307-0.1516-0.19490.29980.1921-0.11730.01771.0218-0.02950.01921.4010.07211.066432.11281.237335.0362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4D52 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5E53 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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