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万見
- PDB-6ehh: Crystal structure of mouse MTH1 mutant L116M with inhibitor TH588 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehh
タイトルCrystal structure of mouse MTH1 mutant L116M with inhibitor TH588
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / mutant / MTH1 / mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / 2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / 2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular space / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GE / COPPER (II) ION / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gustafsson, R. / Narwal, M. / Jemth, A.-S. / Almlof, I. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 10件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
the Wenner-Gren Foundation スウェーデン
Clas Groschinskys Foundation スウェーデン
Ake Wiberg Foundation スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation スウェーデン
Swedish Children's Cancer Foundation スウェーデン
Swedish Pain Relief Foundation スウェーデン
Torsten and Ragnar Soderberg Foundation スウェーデン
Swedish Cancer Society スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures and Inhibitor Interactions of Mouse and Dog MTH1 Reveal Species-Specific Differences in Affinity.
著者: Narwal, M. / Jemth, A.S. / Gustafsson, R. / Almlof, I. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
C: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
D: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,01541
ポリマ－80,4794
非ポリマー3,53637
水4,702261
1
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,98510
ポリマ－20,1201
非ポリマー8659
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,98710
ポリマ－20,1201
非ポリマー8679
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,25513
ポリマ－20,1201
非ポリマー1,13512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7888
ポリマ－20,1201
非ポリマー6697
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.673, 142.088, 58.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1


分子量: 20119.699 Da / 分子数: 4 / 変異: L116M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nudt1, Mth1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P53368, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase

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非ポリマー , 7種, 298分子

#2: 化合物
ChemComp-2GE / N~4~-cyclopropyl-6-(2,3-dichlorophenyl)pyrimidine-2,4-diamine / TH-588


分子量: 295.167 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12Cl2N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 34% (w/v) PEG 3350, 0.01 M copper (II) chloride dihydrate, 2 mM TCEP, 10 mM TH588, 6 mM MgCL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.4 Å / Num. obs: 35400 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.981 / Rrim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3577 / CC1/2: 0.429 / Rrim(I) all: 1.445 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MZG

5mzg


解像度: 2.4→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 12.186 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29924 1811 5.1 %RANDOM
Rwork0.24861 ---
obs0.25118 33560 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.3 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4966 0 216 261 5443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.9787130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.805310998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7265610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1824.031258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04515881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7111528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6632.7422449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6632.7422448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2214.1083056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2214.1093057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4292.8252857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4292.8252857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7964.1924063
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.64429.7155488
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.64429.7215489
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 110 -
Rwork0.341 2381 -
obs--94.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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