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万見
- PDB-6ehc: OmpUdeltaN (N-terminus deletion mutant of OmpU), outer membrane p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehc
タイトルOmpUdeltaN (N-terminus deletion mutant of OmpU), outer membrane protein of Vibrio cholerae
要素Outer membrane protein U
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Outer membrane protein / Porin (ポリン (タンパク質)) / OmpF or OmpC ortholog / ion-transport / membrane beta barrel / ion-channel (イオンチャネル) / diffusion porin / diffusion channel / non-specific porin.
機能・相同性Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin domain superfamily / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / Outer membrane protein U
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者van den berg, B. / Pathania, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiatives Joint Undertaking115525 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Unusual Constriction Zones in the Major Porins OmpU and OmpT from Vibrio cholerae.
著者: Pathania, M. / Acosta-Gutierrez, S. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein U
B: Outer membrane protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,34912
ポリマ－67,2852
非ポリマー3,06410
水4,612256
1
A: Outer membrane protein U
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein U
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,44321
ポリマ－100,9273
非ポリマー5,51618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
2
B: Outer membrane protein U
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein U
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,60515
ポリマ－100,9273
非ポリマー3,67712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.360, 81.360, 198.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

C8E

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein U / Porin OmpU


分子量: 33642.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a N-terminal deletion mutant (first 10 resdiues deleted) of OmpU (OM porin) of Vibrio cholerae.
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: ompU, VC0395_A0162, VC395_0650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F934
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 33% PEG 300, 0.1 M NaCl, 0.05 M bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→57.52 Å / Num. obs: 48646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル最高解像度: 2.02 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHB

6ehb


解像度: 2.02→57.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.9 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24761 2419 5 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.19533 46172 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0.87 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---5.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→57.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4714 0 97 256 5067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.024902
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9526585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943310016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9675614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65524.883256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12415737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.41522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0113.8192456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0093.8192455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2095.6973062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2095.6973063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6364.2412446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6364.2412447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3926.193520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.16443.0314923
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.16443.0394924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 209 -
Rwork0.301 3403 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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