PDB-6ehc: OmpUdeltaN (N-terminus deletion mutant of OmpU), outer membrane p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ehc

タイトル

OmpUdeltaN (N-terminus deletion mutant of OmpU), outer membrane protein of Vibrio cholerae

要素

Outer membrane protein U

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Porin / OmpF or OmpC ortholog / ion-transport / membrane beta barrel / ion-channel / diffusion porin / diffusion channel / non-specific porin.

機能・相同性

Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / Outer membrane protein U

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

van den berg, B. / Pathania, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Unusual Constriction Zones in the Major Porins OmpU and OmpT from Vibrio cholerae.
著者: Pathania, M. / Acosta-Gutierrez, S. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.

履歴

登録	2017年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ehc.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ehc.ent.gz	107 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ehc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ehc_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ehc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6ehc_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6ehc_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oykC 6ehbSC 6ehdC 6eheC 6ehfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ehb-d 3pox-1 1e54-1 5onu-d 6ene-d 3poq-1 2fgq-1 3vy9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane protein U

B: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

A: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

A: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

B: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

B: Outer membrane protein U

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
105 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.360, 81.360, 198.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-404- C8E

#1: タンパク質	Outer membrane protein U / Porin OmpU 分子量: 33642.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This is a N-terminal deletion mutant (first 10 resdiues deleted) of OmpU (OM porin) of Vibrio cholerae. 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: ompU, VC0395_A0162, VC395_0650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F934
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 33% PEG 300, 0.1 M NaCl, 0.05 M bicine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→57.52 Å / Num. obs: 48646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	最高解像度: 2.02 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EHB

6ehb

解像度: 2.02→57.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.9 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24761	2419	5 %	RANDOM
R_work	0.1926	-	-	-
obs	0.19533	46172	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.774 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.74 Å²	-0.87 Å²	0 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.02→57.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4714	0	97	256	5067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	4902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.952	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	10016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.967	5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.655	24.883	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.124	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.4	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.011	3.819	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.009	3.819	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.209	5.697	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.209	5.697	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.636	4.241	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.636	4.241	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.392	6.19	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.164	43.031	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.164	43.039	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.073 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	209	-
R_work	0.301	3403	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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