PDB-6egm: Crystal Structure of a de novo Three-stranded Coiled Coil Peptide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6egm

タイトル

Crystal Structure of a de novo Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing D-Leu in a d-site Position of a Tris-thiolate Binding Site

要素

Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Three-stranded Coiled Coil Peptide / D-Leu / Metalloprotein / Engineered Protein / D-amino acids

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: How Outer Coordination Sphere Modifications Can Impact Metal Structures in Proteins: A Crystallographic Evaluation.
著者: Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.

履歴

登録	2018年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.title ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6egm.cif.gz	25.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6egm.ent.gz	18 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6egm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6egm_validation.pdf.gz	411.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6egm_full_validation.pdf.gz	411.3 KB	表示
XML形式データ	6egm_validation.xml.gz	3.9 KB	表示
CIF形式データ	6egm_validation.cif.gz	4.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eglC 6egnC 6egoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6egp-1 6mcd-1 6ego-1 5kb2-1 6fue-1 3hro-1 6qt5-1 6qt4-1 6qt1-1 6qt3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3

ヘテロ分子

4.18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3

ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3

ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
12.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.898, 37.898, 140.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-222- HOH
2	1	A-241- HOH
3	1	A-243- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3 分子量: 4114.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, lithium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 3615 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 1.054 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 49750

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.83-1.86	8	0.124	317	0.99	0.049	0.134	1.169	100
1.86-1.9	8	0.115	331	0.993	0.044	0.123	1.2	100
1.9-1.93	8	0.105	309	0.996	0.041	0.113	1.177	100
1.93-1.97	8	0.095	348	0.994	0.036	0.102	1.14	100
1.97-2.01	7.9	0.089	328	0.995	0.035	0.096	1.13	100
2.01-2.06	7.7	0.087	336	0.995	0.034	0.094	1.204	100
2.06-2.11	7.9	0.079	333	0.996	0.031	0.085	1.146	100
2.11-2.17	7.6	0.078	319	0.996	0.031	0.084	1.133	100
2.17-2.23	7.4	0.068	344	0.996	0.028	0.074	1.134	100
2.23-2.31	7.5	0.07	322	0.996	0.028	0.075	1.139	100
2.31-2.39	7.3	0.063	344	0.997	0.025	0.068	1.009	100
2.39-2.48	7.1	0.063	327	0.997	0.026	0.068	1.057	100
2.48-2.6	7.2	0.065	324	0.996	0.027	0.071	1.078	100
2.6-2.73	7.3	0.064	330	0.997	0.025	0.069	1.047	100
2.73-2.9	7.4	0.062	350	0.997	0.025	0.067	1.031	100
2.9-3.13	7.6	0.056	325	0.997	0.022	0.06	0.879	100
3.13-3.44	7.1	0.059	336	0.997	0.025	0.064	0.892	99.4
3.44-3.94	7.3	0.054	324	0.998	0.021	0.058	0.822	100
3.94-4.97	7.6	0.052	328	0.998	0.02	0.056	0.808	99.4
4.97-50	7.4	0.054	308	0.996	0.021	0.058	0.799	91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.84→23.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9285 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU R_free Blow DPI: 0.123 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.114

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	190	5.26 %	RANDOM
R_work	0.2006	-	-	-
obs	0.201	3615	99.45 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.53 Å² / B_iso mean: 30.51 Å² / B_iso min: 10.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5579 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5579 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1158 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.192 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→23.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	282	0	1	44	327
B_iso mean	-	-	17.78	31.94	-
残基数	-	-	-	-	36

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	142	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	10	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	37	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	284	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	35	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	388	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	284	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	378	HARMONIC	2	1.01
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.97

LS精密化シェル

解像度: 1.84→2.06 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	45	4.5 %
R_work	0.1527	956	-
all	0.1549	1001	-
obs	-	-	99.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.019 Å / Origin y: 1.352 Å / Origin z: 26.9277 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0153 Å²	-0.0142 Å²	0.0131 Å²	-	0.0047 Å²	0.0042 Å²	-	-	-0.0234 Å²
L	-0.2007 °²	0.0382 °²	0.0349 °²	-	0.47 °²	-3.2335 °²	-	-	13.1295 °²
S	-0.0716 Å °	0.0513 Å °	-0.0185 Å °	-0.0604 Å °	0.1062 Å °	-0.0413 Å °	-0.0139 Å °	-0.2012 Å °	-0.0347 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: {A|1 - 36}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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