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- PDB-6efw: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6efw
タイトルCrystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
要素ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
キーワードLYASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / ATP / YjeF / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / NAD(P)H-hydrate dehydratase / YjeF C-terminal domain profile. / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4203
ポリマ－38,3021
非ポリマー1182
水3,945219
1
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8406
ポリマ－76,6042
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
2
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,36024
ポリマ－306,4168
非ポリマー94416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_445-y-1,-x-1,-z1
Buried area22090 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area92930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.420, 85.420, 187.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

NA

21A-579-

HOH

詳細Per size exclusion chromatography the protein appears to be a dimer. However, PISA describes a very convincing crystallographic octamer. With these conflicting pieces of information the actual oligomeric structure remains unclear.

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)HX dehydratase / CrneC.19313.a.B1


分子量: 38301.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05097
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J9VIT7, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition A3: 40% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 6.1, 200mM NaCl; CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml; cryo: direct; tray 302563a3, puck VLL3-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月2日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.98 Å / Num. obs: 27708 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.693 % / Biso Wilson estimate: 33.281 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 26.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.958.8840.5384.2919880.9220.57198.5
1.95-210.9940.4096.5219440.9670.429100
2-2.0612.2020.3148.5619260.9850.328100
2.06-2.1212.2040.24511.0518560.9890.256100
2.12-2.1912.2090.20412.8518170.9940.213100
2.19-2.2712.2060.16215.6517340.9960.16999.9
2.27-2.3611.9870.13817.8716790.9970.144100
2.36-2.4512.1560.11421.1416510.9970.119100
2.45-2.5612.0360.09724.1215400.9980.10199.9
2.56-2.6912.1290.08327.0715110.9980.087100
2.69-2.8312.1030.06832.7214380.9990.071100
2.83-312.1130.0636.1413500.9980.062100
3-3.2111.9960.05142.4612830.9990.05399.9
3.21-3.4711.7810.04747.1712020.9990.049100
3.47-3.811.8280.04253.8611040.9990.044100
3.8-4.2511.7360.03956.7510180.9990.041100
4.25-4.9111.6730.03859.518990.9990.0499.9
4.91-6.0111.6080.03357.5977310.035100
6.01-8.511.2160.02557.962510.026100
8.5-36.989.770.02257.0937010.02397.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted structure from Robetta server

解像度: 1.9→36.98 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.86
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 2015 7.27 %0
Rwork0.1631 ---
obs0.1661 27700 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.22 Å2 / Biso mean: 31.2387 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→36.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 6 220 2790
Biso mean--60.8 40.13 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d02727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.913724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.71688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.94760.2541210.18721785190698
1.9476-2.00020.2681440.179717941938100
2.0002-2.05910.22351430.167318061949100
2.0591-2.12550.21551440.162818061950100
2.1255-2.20150.20831250.16118181943100
2.2015-2.28960.20691510.15918081959100
2.2896-2.39380.2131430.16318141957100
2.3938-2.520.21751240.165618691993100
2.52-2.67780.2111590.171417871946100
2.6778-2.88450.23941390.176118521991100
2.8845-3.17470.2051600.175918261986100
3.1747-3.63370.19171330.158418581991100
3.6337-4.57670.16961600.140318822042100
4.5767-36.98680.20691690.169119802149100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77161.01330.65661.65011.42882.27180.00440.0409-0.0192-0.13790.03460.0224-0.12610.067-0.04580.187-0.00050.01130.16480.02170.1909-29.2667-27.5516-23.4024
22.5166-0.33760.01153.6020.42494.8847-0.18150.57090.1154-0.75280.2197-0.1494-0.29420.0669-0.01870.2801-0.09030.04080.27030.03180.1978-24.4989-25.4983-38.6494
35.3901-1.17250.32852.8521-0.22034.1719-0.0680.65170.1554-0.25520.0805-0.1655-0.31280.3942-0.04130.2259-0.06930.0320.2842-0.00620.1826-12.9784-27.4391-31.993
43.47461.4824-0.6352.7101-0.96312.17130.0328-0.00080.05040.0979-0.0286-0.4126-0.13130.41830.0040.16960.0109-0.00170.2665-0.0080.266-5.4576-28.7807-18.6763
53.0693-0.88-0.66575.93181.80882.72610.1231-0.04760.3793-0.0027-0.0706-0.0291-0.3344-0.0151-0.02560.1665-0.01460.01360.16240.0030.1529-23.192-16.5464-17.3535
62.39921.933-0.79187.8291-1.96681.51240.0527-0.02190.15550.1262-0.0565-0.121-0.0460.1199-0.00240.12450.01560.00190.1492-0.00510.142-19.0194-31.2303-12.9152
70.45050.89060.98775.93076.4336.9343-0.029-0.09860.10690.2888-0.15860.45640.0173-0.23680.24180.19640.00390.00480.16280.0080.194-28.0885-29.0021-8.2806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 90 )A0 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 133 )A91 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 180 )A134 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 249 )A181 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 283 )A250 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 316 )A284 - 316
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 317 through 346 )A317 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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