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Yorodumi- PDB-6efw: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neof... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6efw | ||||||
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Title | Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A | ||||||
Components | ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / ATP / YjeF / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6efw.cif.gz | 152.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6efw.ent.gz | 118.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6efw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 8|||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Per size exclusion chromatography the protein appears to be a dimer. However, PISA describes a very convincing crystallographic octamer. With these conflicting pieces of information the actual oligomeric structure remains unclear. |
-Components
#1: Protein | Mass: 38301.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_05097 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: J9VIT7, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase |
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#2: Chemical | ChemComp-NA / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.1 Details: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition A3: 40% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 6.1, 200mM NaCl; CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml; cryo: direct; tray 302563a3, puck VLL3-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→36.98 Å / Num. obs: 27708 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.693 % / Biso Wilson estimate: 33.281 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 26.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: predicted structure from Robetta server Resolution: 1.9→36.98 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.22 Å2 / Biso mean: 31.2387 Å2 / Biso min: 14.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→36.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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