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万見
- PDB-6ef9: GspB Siglec domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ef9
タイトルGspB Siglec domain
要素Platelet binding protein GspB - Siglec domain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #4140 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...Immunoglobulin-like - #4140 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Platelet binding protein GspB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Iverson, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106987 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Origins of glycan selectivity in streptococcal Siglec-like adhesins suggest mechanisms of receptor adaptation.
著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, ...著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, X. / Lebrilla, C.B. / Baudry, J. / Smith, J.C. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet binding protein GspB - Siglec domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,32012
ポリマ－13,9521
非ポリマー36811
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Platelet binding protein GspB - Siglec domain
ヘテロ分子

A: Platelet binding protein GspB - Siglec domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,64124
ポリマ－27,9052
非ポリマー73622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area4320 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.083, 92.083, 143.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

FMT

21A-607-

FMT

31A-895-

HOH

41A-906-

HOH

51A-908-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Platelet binding protein GspB - Siglec domain / Serine-rich adhesin for platelets / Serine-rich repeat protein GspB


分子量: 13952.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: gspB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q939N5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4 M NaFormate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 57769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 59.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.12_2829) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.3→33.219 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1438 2000 3.47 %
Rwork0.1308 --
obs0.1313 57678 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 21 215 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9811368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.19357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.33250.21151380.1893856X-RAY DIFFRACTION98
1.3325-1.36860.18911420.15883931X-RAY DIFFRACTION100
1.3686-1.40880.17221420.14223967X-RAY DIFFRACTION100
1.4088-1.45430.15071420.12233951X-RAY DIFFRACTION100
1.4543-1.50630.12791420.11663957X-RAY DIFFRACTION100
1.5063-1.56660.17571430.11633963X-RAY DIFFRACTION100
1.5666-1.63790.12071420.1153952X-RAY DIFFRACTION100
1.6379-1.72420.14451410.11763952X-RAY DIFFRACTION100
1.7242-1.83230.1371440.11924001X-RAY DIFFRACTION100
1.8323-1.97370.13941420.11743953X-RAY DIFFRACTION100
1.9737-2.17230.1271440.11224005X-RAY DIFFRACTION100
2.1723-2.48650.13251440.13144007X-RAY DIFFRACTION100
2.4865-3.13240.15431450.14464031X-RAY DIFFRACTION100
3.1324-33.22990.14211490.13774152X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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