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万見
- PDB-6ee7: Small tetraheme cytochrome c from Shewanella oneidensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ee7
タイトルSmall tetraheme cytochrome c from Shewanella oneidensis
要素Periplasmic tetraheme cytochrome c CctA
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Periplasmic tetraheme cytochrome c CctA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.394 Å
データ登録者Huang, J. / Zarzycki, J. / Ducat, D.C. / Kramer, D.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)135959 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20021 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Mesoscopic to Macroscopic Electron Transfer by Hopping in a Crystal Network of Cytochromes.
著者: Huang, J. / Zarzycki, J. / Gunner, M.R. / Parson, W.W. / Kern, J.F. / Yano, J. / Ducat, D.C. / Kramer, D.M.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年5月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic tetraheme cytochrome c CctA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3448
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,6707
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.595, 63.856, 28.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic tetraheme cytochrome c CctA


分子量: 9673.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: cctA, SO_2727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EDL6
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: elongated plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5 mg/mL of purified cytochrome (1 mM HEPES pH 8.0) were mixed with reservoir solution (16 PEG 3350, 15 mM ZnSO4 in 1:1 (v/v) ratio and placed at 277 K in sitting drop vapor diffusion dishes. ...詳細: 5 mg/mL of purified cytochrome (1 mM HEPES pH 8.0) were mixed with reservoir solution (16 PEG 3350, 15 mM ZnSO4 in 1:1 (v/v) ratio and placed at 277 K in sitting drop vapor diffusion dishes. Crystals were harvested after ca. 10 days and transferred to 30% PEG 400 before freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.394→16.922 Å / Num. obs: 34487 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3220 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.31 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M1R

1m1r


解像度: 1.394→16.922 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.6 / 位相誤差: 19.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 3428 9.99 %
Rwork0.1639 --
obs0.1658 34325 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.394→16.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数669 0 175 140 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6981248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.157278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3936-1.41350.36891140.33321009X-RAY DIFFRACTION78
1.4135-1.43460.31711500.29691338X-RAY DIFFRACTION100
1.4346-1.4570.24611460.27231321X-RAY DIFFRACTION100
1.457-1.48090.2611370.24411253X-RAY DIFFRACTION100
1.4809-1.50640.24631440.23081295X-RAY DIFFRACTION100
1.5064-1.53380.18741490.22471354X-RAY DIFFRACTION100
1.5338-1.56330.21481410.21231246X-RAY DIFFRACTION100
1.5633-1.59520.25271530.19681352X-RAY DIFFRACTION99
1.5952-1.62980.20111410.19851324X-RAY DIFFRACTION99
1.6298-1.66770.22171400.18161265X-RAY DIFFRACTION99
1.6677-1.70940.17711460.18271300X-RAY DIFFRACTION99
1.7094-1.75550.23331430.16891322X-RAY DIFFRACTION99
1.7555-1.80710.191420.17141267X-RAY DIFFRACTION99
1.8071-1.86540.1921440.16081294X-RAY DIFFRACTION99
1.8654-1.9320.15811430.14371312X-RAY DIFFRACTION99
1.932-2.00920.16641430.14921268X-RAY DIFFRACTION98
2.0092-2.10050.19321450.14251296X-RAY DIFFRACTION99
2.1005-2.2110.18531460.13891320X-RAY DIFFRACTION100
2.211-2.34920.15121450.14861281X-RAY DIFFRACTION99
2.3492-2.530.1671480.15711309X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.78360.1691430.14861299X-RAY DIFFRACTION99
2.7836-3.18410.13971400.14681306X-RAY DIFFRACTION99
3.1841-4.00280.15381450.13261309X-RAY DIFFRACTION100
4.0028-16.9230.1831400.15541257X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60830.0047-0.60822.9469-0.47883.48460.0323-0.0654-0.21210.2703-0.02150.06380.3279-0.1334-0.01710.1365-0.0103-0.0010.09990.00310.1687-22.6422-11.26528.2577
23.20192.3481.17642.75120.75390.9359-0.06250.0908-0.1292-0.17540.0362-0.16360.05430.08080.00710.11430.01040.00490.1201-0.00520.125-11.8768-5.97419.7875
31.4609-0.3173-0.73660.82580.6291.08680.03060.09150.0866-0.11740.0092-0.0107-0.1391-0.0451-0.02650.12130.007-0.01160.11720.01610.1109-20.76124.945122.7451
43.3434-0.427-1.24741.90880.58851.50150.08020.13330.2438-0.04340.0002-0.0741-0.1466-0.0348-0.06060.13890.00040.00360.12120.02320.1202-19.621311.541331.0911
51.36730.0437-0.67782.10370.19471.3394-0.0107-0.0455-0.16980.2108-0.0716-0.07080.19350.08570.06490.14680.0052-0.00210.1229-0.00060.1236-18.0933-3.169133.5197
64.26933.93630.95388.22182.45723.8242-0.121-0.057-0.17370.0813-0.01490.07550.1655-0.05050.11690.1989-0.00890.01740.17180.01910.1587-21.95461.130940.2139
72.7724-0.9553-0.97211.4337-0.42441.8391-0.0163-0.29790.02170.17770.0747-0.16160.08780.0862-0.05110.1882-0.0068-0.02410.1641-0.00580.1445-16.988610.330844.3416
84.913-0.1880.35085.16250.27835.7590.10410.04160.28340.00340.08670.1871-0.2335-0.2898-0.18010.18860.03340.00550.2013-0.01110.1579-29.574210.837341.6406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 46 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 57 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 58 through 70 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 71 through 75 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 76 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 85 through 90 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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