PDB-6edw: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ICL2 in the apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6edw

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ICL2 in the apo form

要素

Isocitrate lyase 2

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxysome / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bashiri, G. / Bhusal, R. / Leung, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Acetyl-CoA-mediated activation of Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase 2.
著者: Bhusal, R.P. / Jiao, W. / Kwai, B.X.C. / Reynisson, J. / Collins, A.J. / Sperry, J. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.

履歴

登録	2018年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6edw.cif.gz	655.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6edw.ent.gz	547.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6edw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6edw_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6edw_full_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示
XML形式データ	6edw_validation.xml.gz	132.3 KB	表示
CIF形式データ	6edw_validation.cif.gz	202.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6edw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6edw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6edzC 6ee1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6724 3i04-1 5fyk-d 3i01-1 21005 3i04-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase 2

B: Isocitrate lyase 2

C: Isocitrate lyase 2

D: Isocitrate lyase 2

ヘテロ分子

351 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.824, 136.078, 138.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	12 - 764
2	1	B	12 - 764
1	2	A	12 - 762
2	2	C	12 - 762
1	3	A	12 - 764
2	3	D	12 - 764
1	4	B	12 - 762
2	4	C	12 - 762
1	5	B	12 - 764
2	5	D	12 - 764
1	6	C	12 - 762
2	6	D	12 - 762

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Isocitrate lyase 2 / ICL2 / Isocitrase / Isocitratase 分子量: 87615.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌) 株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: icl2, aceA-2, MT1966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VJU4, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 9% w/v PEG 4K, 18% v/v glycerol, 0.02 M amino acids, 0.1 M MES/imidazole pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→136.98 Å / Num. obs: 323074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.22 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20254	16234	5 %	RANDOM
R_work	0.16828	-	-	-
obs	0.16999	306789	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23222	0	37	3468	26727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.014	23892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	21211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.988	1.659	32368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	1.635	49747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.538	5	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.611	20.876	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.973	15	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.721	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	27464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.258	2.666	11847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.255	2.666	11846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.353	3.977	14796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.353	3.977	14797
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.282	3.223	12045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.281	3.223	12045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.498	4.596	17551
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.8	33.857	28893
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.628	32.83	27649
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24251	0.06
1	2	B	24251	0.06
2	1	A	23556	0.06
2	2	C	23556	0.06
3	1	A	24119	0.06
3	2	D	24119	0.06
4	1	B	23662	0.07
4	2	C	23662	0.07
5	1	B	24244	0.07
5	2	D	24244	0.07
6	1	C	23690	0.06
6	2	D	23690	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	1241	-
R_work	0.309	22312	-
obs	-	-	98.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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