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- PDB-6ee1: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ICL2 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ee1
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis ICL2 in complex with acetyl-CoA
要素Isocitrate lyase 2
キーワードLYASE (リアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / ICL/PEPM domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Isocitrate lyase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Bashiri, G. / Bhusal, R. / Leung, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Acetyl-CoA-mediated activation of Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase 2.
著者: Bhusal, R.P. / Jiao, W. / Kwai, B.X.C. / Reynisson, J. / Collins, A.J. / Sperry, J. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.
履歴
登録2018年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase 2
B: Isocitrate lyase 2
C: Isocitrate lyase 2
D: Isocitrate lyase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,73512
ポリマ－350,4004
非ポリマー3,3368
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49020 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area102850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.475, 169.972, 106.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A12 - 764
2010B12 - 764
1020A12 - 764
2020C12 - 764
1030A12 - 764
2030D12 - 764
1040B12 - 764
2040C12 - 764
1050B11 - 765
2050D11 - 765
1060C12 - 764
2060D12 - 764

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Isocitrate lyase 2 / / ICL2 / Isocitrase / Isocitratase


分子量: 87599.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: icl2, aceA-2, MT1966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VJU4, isocitrate lyase
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9% w/v PEG 4K, 18% v/v glycerol, 0.02 M amino acids, 0.1 M MES/imidazole pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→48.87 Å / Num. obs: 152900 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 10.755 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23236 7570 5 %RANDOM
Rwork0.19823 ---
obs0.19992 145327 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.75 Å20 Å2-0.59 Å2
2--4.84 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.36→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22853 0 208 568 23629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01423564
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01720910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9451.6731923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7511.63948974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49552875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08320.8231386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.788153880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3915236
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.23007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0226839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4346.31711582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4346.31611577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2269.46114427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2269.46114428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7066.7111982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7056.7111983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.859.91117497
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.91373.75926041
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.90973.74125962
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A231650.07
12B231650.07
21A230460.06
22C230460.06
31A232680.06
32D232680.06
41B231930.07
42C231930.07
51B236860.06
52D236860.06
61C232760.06
62D232760.06
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 570 -
Rwork0.354 10724 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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