PDB-6edv: Structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA3944 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6edv

タイトル

Structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA3944 in complex with CoA

要素

Acetyltransferase PA3944

キーワード

TRANSFERASE / Gcn5-related N-acetyltransferase / GNAT / Pseudomonas aeruginosa / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / Acetyltransferase PA3944

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Majorek, K.A. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: A Gcn5-Related N-Acetyltransferase (GNAT) Capable of Acetylating Polymyxin B and Colistin Antibiotics in Vitro.
著者: Czub, M.P. / Zhang, B. / Chiarelli, M.P. / Majorek, K.A. / Joe, L. / Porebski, P.J. / Revilla, A. / Wu, W. / Becker, D.P. / Minor, W. / Kuhn, M.L.

履歴

登録	2018年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6edv.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6edv.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6edv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6edv_validation.pdf.gz	698.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6edv_full_validation.pdf.gz	698.3 KB	表示
XML形式データ	6edv_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	6edv_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6edv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6edv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eddC 3fbuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kyj-1 7kps-1 6edd-1 7kye-d 7kpp-1 2r8b-2 4hfo-5 3ofk-4 2idv-d 5b6j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP52183

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.438, 44.030, 111.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 22080.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate monohydrate, 20%w/v PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 40378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.778 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FBU

3fbu

解像度: 1.35→30 Å / SU B: 1.457 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.161	2019	5 %	RANDOM
R_work	0.133	-	-	-
obs	0.134	38285	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1473	0	57	155	1685

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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