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- PDB-6ed2: Faecalibacterium prausnitzii beta-glucuronidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ed2
タイトルFaecalibacterium prausnitzii beta-glucuronidase
要素Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily ...Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Faecalibacterium prausnitzii A2-165 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pellock, S.J. / Biernat, K.A. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure, function, and inhibition of drug reactivating human gut microbial beta-glucuronidases.
著者: Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Bhatt, A.P. / Bivins, M.M. / Walton, W.G. / Tran, B.N.T. / Wei, L. / Snider, M.C. / Cesmat, A.P. / Tripathy, A. / Erie, D.A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3148
ポリマ－71,9891
非ポリマー3257
水6,413356
1
A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,25532
ポリマ－287,9564
非ポリマー1,29928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area20310 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area73100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.232, 145.232, 233.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-849-

HOH

21A-870-

HOH

31A-1057-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein


分子量: 71988.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Faecalibacterium prausnitzii A2-165 (バクテリア)
遺伝子: FAEPRAA2165_01145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7H4D2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane: HCl, pH 7 0.4 M Magnesium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.85 Å / Num. obs: 67984 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 19.48
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→28.85 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 1998 3.07 %
Rwork0.1717 --
obs0.1726 65044 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 20 356 5146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9066700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5773973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.26751400.23084425X-RAY DIFFRACTION100
2.3576-2.42130.27591410.2214443X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.49250.24041400.20484397X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.57290.24071410.20034448X-RAY DIFFRACTION100
2.5729-2.66480.23641400.19124430X-RAY DIFFRACTION100
2.6648-2.77140.18841420.18844451X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.89740.20681410.19294471X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-3.050.18411410.18994467X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.24090.21971420.1794487X-RAY DIFFRACTION100
3.2409-3.49070.1981430.1714494X-RAY DIFFRACTION100
3.4907-3.84130.19191420.16094502X-RAY DIFFRACTION100
3.8413-4.39560.18621440.14244556X-RAY DIFFRACTION100
4.3956-5.53170.15791470.13574609X-RAY DIFFRACTION100
5.5317-29.16370.18361540.17634866X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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