PDB-6ecu: SeMet substituted StiD O-MT residues 976-1266

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ecu

タイトル

SeMet substituted StiD O-MT residues 976-1266

要素

StiD protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stigmatella aurantiaca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA108874	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008353	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.
著者: Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Schultz, J.R. / Bernard, S.M. / Fiers, W.D. / Dan, Q. / Kulkarni, S. / Wipf, P. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.

履歴

登録	2018年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ecu.cif.gz	244.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ecu.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ecu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ecu_validation.pdf.gz	943.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ecu_full_validation.pdf.gz	946.8 KB	表示
XML形式データ	6ecu_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6ecu_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ectC 6ecvC 6ecwC 6ecxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ecv-d 6ecw-d 6xsz-2 5h3u-1 3qr3-d 6xsz-1 5kdu-d 4yeg-2 6xt1-2 5h1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: StiD protein

B: StiD protein

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.300, 52.400, 68.700
Angle α, β, γ (deg.)	89.600, 88.300, 81.100
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	StiD protein 分子量: 35777.434 Da / 分子数: 2 / 断片: oxygen methyltransferase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア) 遺伝子: stiD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RJY3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 4000, 0.77 M LiCl, 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→41.29 Å / Num. obs: 36676 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.484 % / B_iso Wilson estimate: 38.23 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.951 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.96-2.01	2.274	0.872	0.94	2396	0.487	1.12	84.1
2.01-2.07	3.666	0.712	1.82	2619	0.708	0.836	96.7
2.07-2.13	3.599	0.551	2.28	2588	0.814	0.648	96.8
2.13-2.19	3.608	0.425	2.86	2467	0.882	0.499	96.9
2.19-2.26	3.46	0.345	3.55	2464	0.903	0.409	96.9
2.26-2.34	3.39	0.268	4.32	2328	0.93	0.32	97.4
2.34-2.43	3.473	0.23	5.03	2283	0.949	0.273	97.6
2.43-2.53	3.591	0.182	6.24	2218	0.965	0.214	98
2.53-2.64	3.738	0.151	7.38	2090	0.978	0.177	98
2.64-2.77	3.706	0.11	9.36	2052	0.988	0.129	98.2
2.77-2.92	3.643	0.096	10.88	1922	0.988	0.112	98.5
2.92-3.1	3.562	0.083	12.15	1804	0.991	0.098	98.4
3.1-3.31	3.3	0.07	13.76	1736	0.992	0.084	98.5
3.31-3.58	3.466	0.053	16.42	1576	0.996	0.063	98.3
3.58-3.92	3.633	0.043	19.21	1457	0.997	0.051	98.4
3.92-4.38	3.729	0.038	21.02	1330	0.997	0.045	98.4
4.38-5.06	3.63	0.035	21.41	1174	0.997	0.042	98.5
5.06-6.2	3.337	0.047	20.18	990	0.995	0.057	98.5
6.2-8.77	3.576	0.046	21.63	765	0.996	0.055	99
8.77-41.29	3.835	0.038	24	417	0.998	0.044	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.96→41.29 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1841	5.02 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.181	36668	94.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.58 Å² / B_iso mean: 54.7056 Å² / B_iso min: 20.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.96→41.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4424	0	52	116	4592
B_iso mean	-	-	54.27	50.96	-
残基数	-	-	-	-	553

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.96-1.9858	0.4687	81	0.4373	1539	1620	55
1.9858-2.013	0.3734	129	0.3561	2545	2674	89
2.013-2.0418	0.3297	154	0.3079	2571	2725	95
2.0418-2.0722	0.364	131	0.2984	2600	2731	96
2.0722-2.1046	0.3285	157	0.2851	2699	2856	95
2.1046-2.1391	0.3483	133	0.2713	2620	2753	95
2.1391-2.176	0.2772	137	0.2503	2590	2727	96
2.176-2.2156	0.3051	145	0.2508	2688	2833	96
2.2156-2.2582	0.294	137	0.236	2653	2790	95
2.2582-2.3043	0.2549	127	0.2348	2642	2769	96
2.3043-2.3544	0.2799	157	0.2222	2635	2792	96
2.3544-2.4091	0.2762	131	0.2133	2675	2806	96
2.4091-2.4694	0.3024	140	0.2103	2655	2795	97
2.4694-2.5361	0.2423	143	0.1931	2709	2852	97
2.5361-2.6107	0.2527	131	0.2016	2684	2815	97
2.6107-2.695	0.2418	156	0.1919	2638	2794	97
2.695-2.7913	0.2511	143	0.1905	2655	2798	97
2.7913-2.903	0.257	132	0.1882	2731	2863	97
2.903-3.0351	0.2194	143	0.1897	2623	2766	97
3.0351-3.1951	0.2165	134	0.1806	2723	2857	97
3.1951-3.3952	0.2301	152	0.1746	2632	2784	96
3.3952-3.6572	0.2056	132	0.154	2676	2808	97
3.6572-4.0249	0.1882	144	0.1382	2668	2812	96
4.0249-4.6067	0.1843	145	0.1281	2669	2814	96
4.6067-5.8014	0.1935	135	0.1446	2649	2784	96
5.8014-41.299	0.1898	140	0.1571	2705	2845	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.124	0.6351	-2.3851	4.5431	-2.1909	2.1436	0.1859	1.0069	0.6285	-0.5457	-0.0349	0.1724	-1.1511	-0.0418	-0.1741	0.7683	0.0261	-0.057	0.4233	0.0529	0.3506	28.426	61.998	34.4745
2	2.8563	0.1944	0.1215	3.8431	-5.5352	8.0446	0.0713	0.1126	0.2629	0.0267	-0.0988	-0.591	-0.5877	0.3861	0.093	0.3586	-0.0227	0.0394	0.2863	-0.0496	0.3495	34.5008	54.3025	35.8654
3	4.5468	-1.1961	-0.7757	3.7182	-1.4031	7.2105	0.213	0.6253	0.3092	-1.0841	-0.2729	-0.066	-0.5421	0.0397	0.0768	0.7055	0.0216	0.0056	0.261	-0.0484	0.2946	30.8239	40.2059	24.5783
4	4.7644	-0.7111	-0.6842	4.6993	-0.3327	6.4244	0.2183	0.3139	-0.3924	-0.9265	-0.1869	1.1004	-0.0808	-0.8824	-0.0306	0.4041	0.0021	-0.1641	0.3395	-0.0676	0.4688	18.7227	35.2367	32.2911
5	6.0007	-4.3354	-7.0202	3.7738	5.9566	9.4019	0.2174	0.1365	-0.2797	-0.5661	-0.3779	0.7622	-0.0902	-0.5573	0.1649	0.2618	-0.0026	-0.1199	0.3325	-0.0301	0.4374	24.1964	36.9973	40.424
6	4.9628	-2.0152	0.1331	6.1979	2.8759	5.0478	0.2943	0.247	0.1948	-0.2331	-0.3911	1.648	-0.3582	-1.0216	-0.1454	0.2206	0.0465	0.0581	0.4508	0.038	0.6402	13.3073	39.4687	45.0206
7	3.1105	0.0918	-0.5038	6.0884	-0.8424	3.3802	0.2075	0.5161	0.6152	-0.1299	0.0019	0.3485	-1.1482	-0.4121	-0.1387	0.5518	0.1469	0.0799	0.3571	0.0355	0.3609	22.5213	58.6366	38.9011
8	8.8329	-0.8499	2.7192	3.1474	-2.183	2.344	0.4778	2.0284	-0.1435	-0.3383	-0.4088	0.424	-0.8404	0.1352	0.3031	0.7525	0.3874	0.1365	0.7758	0.0137	0.5669	14.876	60.6468	36.728
9	1.9297	-1.5779	0.1994	8.0452	-2.6008	4.6591	-0.0472	-0.2643	-0.1729	0.3112	0.2969	0.511	-0.3263	-0.2136	-0.2293	0.1819	0.0426	0.0245	0.2602	-0.0008	0.2788	23.6696	38.7652	50.3942
10	1.8745	0.9246	0.7881	3.9736	-1.9654	6.828	0.1888	-0.2894	-0.1008	0.8034	0.0748	0.3935	0.4438	-1.0356	-0.1654	0.4678	-0.0083	0.0754	0.4879	-0.0139	0.3467	24.4766	19.951	77.7765
11	6.5502	1.4566	1.2447	5.6429	-1.5094	4.916	0.3889	-0.4132	-0.6043	-0.1207	-0.3828	-0.1646	1.4928	0.0316	-0.0444	0.5943	-0.0324	0.072	0.295	-0.0187	0.2876	32.4196	8.0419	62.0091
12	2.1391	0.0057	-0.0152	5.3935	-0.0811	3.2473	0.0008	-0.1219	-0.1205	-0.0139	-0.295	-0.566	0.3749	0.8169	0.2592	0.2363	0.079	0.0434	0.4657	0.0799	0.3176	42.3215	22.3712	59.0744
13	1.3317	0.1756	-0.9564	2.6835	-1.9743	8.025	0.0103	-0.2185	-0.0637	0.4548	-0.1324	-0.0867	0.087	0.2946	0.1276	0.2481	-0.0228	-0.0181	0.272	-0.0353	0.2984	34.3764	27.8613	69.9752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 980 through 1007 )	A	980 - 1007
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1008 through 1028 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1029 through 1090 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1091 through 1128 )	A	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1129 through 1142 )	A	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1143 through 1170 )	A	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1171 through 1206 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1207 through 1226 )	A	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1227 through 1265 )	A	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 979 through 1028 )	B	979 - 1028
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1029 through 1089 )	B	0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1090 through 1170 )	B	0
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1171 through 1267 )	B	0

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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