PDB-6ecw: StiD O-MT residues 956-1266

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ecw

タイトル

StiD O-MT residues 956-1266

要素

StiD protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stigmatella aurantiaca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA108874	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008353	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.
著者: Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Schultz, J.R. / Bernard, S.M. / Fiers, W.D. / Dan, Q. / Kulkarni, S. / Wipf, P. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.

履歴

登録	2018年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ecw.cif.gz	249.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ecw.ent.gz	200.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ecw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ectC 6ecuC 6ecvC 6ecxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ecv-d 6ecu-d 4kxx-d 5kd8-d 5h1l-d 4b9a-1 5kd5-d 6yn2-d 4kxu-d 5zu5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: StiD protein

B: StiD protein

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.086, 71.086, 123.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	StiD protein 分子量: 35286.762 Da / 分子数: 2 / 断片: oxygen methyltransferase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア) 遺伝子: stiD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RJY3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M ammonium citrate tribasic pH 7.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→46.532 Å / Num. obs: 67485 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.811 % / B_iso Wilson estimate: 38.083 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.103 / Net I/σ(I): 19.77 / Num. measured all: 932033

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.8	13.666	2.098	1.22	10835	0.478	2.179	99.7
1.8-1.92	13.406	1.142	2.38	10242	0.779	1.187	100
1.92-2.08	13.989	0.581	5.46	9502	0.948	0.603	100
2.08-2.27	14.179	0.321	10.72	8791	0.986	0.333	100
2.27-2.54	13.601	0.188	17.1	7944	0.995	0.195	100
2.54-2.93	13.965	0.099	28.98	6992	0.998	0.103	100
2.93-3.59	14.513	0.055	49.69	5962	0.999	0.057	100
3.59-5.06	13.409	0.037	69.72	4612	1	0.038	100
5.06-46.532	13.443	0.031	74.59	2605	1	0.032	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.532 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	1989	2.94 %
R_work	0.1686	-	-
obs	0.1698	67382	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.25 Å² / B_iso mean: 48.0865 Å² / B_iso min: 19.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→46.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4465	0	52	312	4829
B_iso mean	-	-	74.2	50.07	-
残基数	-	-	-	-	561

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6956-1.7163	0.3475	141	0.3229	4476	4617	98
1.7163-1.738	0.3634	146	0.3118	4654	4800	100
1.738-1.7609	0.3108	142	0.2919	4597	4739	100
1.7609-1.785	0.2832	152	0.3003	4745	4897	100
1.785-1.8105	0.3791	130	0.3328	4539	4669	100
1.8105-1.8375	0.301	144	0.33	4569	4713	100
1.8375-1.8662	0.3131	140	0.3028	4717	4857	100
1.8662-1.8968	0.2697	146	0.28	4649	4795	100
1.8968-1.9295	0.2983	140	0.244	4605	4745	100
1.9295-1.9646	0.2333	136	0.2206	4609	4745	100
1.9646-2.0024	0.2579	142	0.1936	4622	4764	100
2.0024-2.0433	0.2048	138	0.1847	4658	4796	100
2.0433-2.0877	0.2118	144	0.1835	4640	4784	100
2.0877-2.1363	0.1914	140	0.1801	4616	4756	100
2.1363-2.1897	0.2216	141	0.1755	4599	4740	100
2.1897-2.2489	0.2076	140	0.1688	4609	4749	100
2.2489-2.3151	0.1917	140	0.1684	4590	4730	100
2.3151-2.3898	0.222	140	0.1639	4721	4861	100
2.3898-2.4752	0.215	142	0.1788	4596	4738	100
2.4752-2.5743	0.2416	134	0.1739	4634	4768	100
2.5743-2.6915	0.2142	146	0.1733	4642	4788	100
2.6915-2.8333	0.2304	142	0.1736	4636	4778	100
2.8333-3.0108	0.2257	135	0.1714	4594	4729	100
3.0108-3.2432	0.2301	144	0.1657	4727	4871	100
3.2432-3.5695	0.2144	138	0.1546	4577	4715	100
3.5695-4.0858	0.1334	128	0.1315	4614	4742	100
4.0858-5.1466	0.1811	142	0.1209	4639	4781	100
5.1466-46.5494	0.1888	136	0.1526	4618	4754	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9709	3.3811	3.7738	3.1005	2.7873	3.1025	0.2307	-0.859	0.3118	0.0906	-0.6675	0.7114	0.1409	-1.325	0.3482	0.2854	-0.0862	-0.0261	0.5756	-0.0723	0.3939	8.2623	-29.8472	-0.6081
2	3.2117	-0.7075	-0.0888	4.0455	-0.0009	2.2644	-0.0205	0.3295	0.3457	-0.7318	-0.0296	0.8255	-0.318	-0.3264	0.0857	0.3833	0.0206	-0.1985	0.2909	0.064	0.4133	22.4034	-13.253	-5.7049
3	5.9341	2.2944	2.4149	1.4478	0.8849	1.8964	-0.0361	0.2962	-0.0106	-0.085	0.063	0.1967	0.0526	-0.0422	-0.044	0.2049	0.0088	-0.0262	0.1993	0.006	0.1857	22.7426	-29.5101	-4.7761
4	7.2153	-3.264	3.7997	3.153	-2.8493	2.8994	0.1973	0.812	0.3072	-0.099	-0.6222	-0.7406	0.1977	1.1527	0.3141	0.278	0.0929	-0.0198	0.5463	0.0592	0.376	62.8159	-30.0216	17.8072
5	5.5823	1.6718	0.1361	2.4741	0.8788	4.6881	0.0636	-0.2507	0.3612	0.4195	0.055	-1.7324	-0.2693	1.0005	-0.046	0.4389	-0.0994	-0.3574	0.3856	-0.0677	0.9295	57.2478	-8.9081	20.0474
6	2.8551	0.7975	0.2128	3.2607	-0.0837	1.6792	0.0437	-0.4299	0.2347	0.8806	-0.1144	-0.3478	-0.2583	-0.0055	0.0843	0.4086	-0.0013	-0.0964	0.2837	-0.0548	0.2449	41.7859	-16.9112	25.4481
7	5.674	-2.2695	2.3233	1.616	-0.8155	1.8226	0.0021	-0.2747	-0.0128	0.0442	0.045	-0.1941	0.0825	0.0449	-0.0516	0.2078	-0.0123	-0.0167	0.2087	0.0032	0.1933	48.5611	-29.5607	22.0971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 978 through 1028 )	A	978 - 1028
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1029 through 1170 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1171 through 1266 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 979 through 1028 )	B	979 - 1028
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1029 through 1090 )	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1091 through 1170 )	B	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1171 through 1266 )	B	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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