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- PDB-6eci: Structure of the FAD binding protein MSMEG_5243 from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eci
タイトルStructure of the FAD binding protein MSMEG_5243 from Mycobacterium smegmatis
要素Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
キーワードFAD-BINDING PROTEIN / flavin adenine dinucleotide (FAD) binding protein / flavin/deazaflavin dependent oxidoreductase (FDOR)
機能・相同性Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Ahmed, F.H. / Antoney, J. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: FAD-sequestering proteins protect mycobacteria against hypoxic and oxidative stress.
著者: Harold, L.K. / Antoney, J. / Ahmed, F.H. / Hards, K. / Carr, P.D. / Rapson, T. / Greening, C. / Jackson, C.J. / Cook, G.M.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
D: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
E: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
F: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
G: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
H: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
I: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
J: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
K: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
L: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
M: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
N: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
O: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
P: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
Q: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
R: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
S: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
T: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,14138
ポリマ－293,75220
非ポリマー13,39018
水6,485360
1
A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9825
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,6073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
2
C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
D: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
3
E: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
F: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
4
G: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
H: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
5
I: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
J: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1613
ポリマ－29,3752
非ポリマー7861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12330 Å2
手法PISA
6
K: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
L: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1613
ポリマ－29,3752
非ポリマー7861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
7
M: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
N: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
8
O: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
P: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1613
ポリマ－29,3752
非ポリマー7861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
9
Q: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
R: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
10
S: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
T: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9464
ポリマ－29,3752
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.268, 186.039, 195.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein


分子量: 14687.581 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_5105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I7GF07
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 20% polyethylene glycol 1500, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1 M citric acid pH 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→29.6 Å / Num. obs: 82043 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 38.99 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.444 / Num. unique obs: 4447 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.565 / Rrim(I) all: 1.552 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FHK

3fhk


解像度: 2.69→29.599 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 4121 5.03 %
Rwork0.2092 --
obs0.2117 81939 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.84 Å2 / Biso mean: 45.8358 Å2 / Biso min: 1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→29.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19180 0 902 362 20444
Biso mean--44.92 34.13 -
残基数----2422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.69-2.72170.38771410.310626422783100
2.7217-2.75480.35821620.29126252787100
2.7548-2.78970.33011360.279326572793100
2.7897-2.82630.37831380.275826462784100
2.8263-2.8650.30831430.259726742817100
2.865-2.90590.27981230.248126502773100
2.9059-2.94930.32951580.249626202778100
2.9493-2.99530.34951420.258726622804100
2.9953-3.04440.31841510.251226512802100
3.0444-3.09680.291560.228926712827100
3.0968-3.15310.31551380.224226222760100
3.1531-3.21360.2391510.217826942845100
3.2136-3.27920.27871280.212726482776100
3.2792-3.35040.28051400.211226752815100
3.3504-3.42820.24681390.204126472786100
3.4282-3.51380.27411660.210626622828100
3.5138-3.60860.24921400.21226812821100
3.6086-3.71460.23711380.19326622800100
3.7146-3.83430.27631490.193826882837100
3.8343-3.9710.26281480.192426922840100
3.971-4.12960.23711420.188626632805100
4.1296-4.3170.26211340.182127072841100
4.317-4.54380.22831100.164427232833100
4.5438-4.82740.1821620.164626922854100
4.8274-5.19830.1921250.172227132838100
5.1983-5.7180.22461250.199127592884100
5.718-6.53760.26171350.212927532888100
6.5376-8.20750.23441400.210927922932100
8.2075-29.60070.2061610.21172847300899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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