PDB-6ec6: Ruminococcus gnavus Beta-glucuronidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ec6

タイトル

Ruminococcus gnavus Beta-glucuronidase

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruminococcus gnavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Biernat, K.A. / Redinbo, M.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure, function, and inhibition of drug reactivating human gut microbial beta-glucuronidases.
著者: Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Bhatt, A.P. / Bivins, M.M. / Walton, W.G. / Tran, B.N.T. / Wei, L. / Snider, M.C. / Cesmat, A.P. / Tripathy, A. / Erie, D.A. / Redinbo, M.R.

履歴

登録	2018年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ec6.cif.gz	450.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ec6.ent.gz	372.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ec6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ec6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ec6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ecaC 6ed1C 6ed2C 3lpgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z18-2 5z19-2 6jz1-1 6eca-1 4jkk-1 5c70-1 4jkl-1 6jz2-1 6bjq-1 3k4a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (10) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

B: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

B: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.292, 137.916, 153.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase 分子量: 72524.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア) 遺伝子: CDL23_04530, CDL24_00315 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A2N5PVZ8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1 M diammonium hydrogen citrate and 0.05 M sodium acetate, pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→29.5 Å / Num. obs: 293029 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.85→2.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LPG

3lpg

解像度: 2.85→29.498 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 18.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	3784	4.48 %
R_work	0.1396	-	-
obs	0.1423	84439	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.498 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9695	0	14	257	9966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	9990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	13554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.565	5816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.8861	0.3329	139	0.2507	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8861-2.924	0.2586	142	0.2069	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-2.964	0.2464	143	0.1905	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0063	0.246	143	0.1883	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0063-3.0511	0.2793	134	0.1983	2977	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0511-3.0988	0.3104	139	0.1913	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0988-3.1495	0.287	149	0.1952	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1495-3.2038	0.245	139	0.1814	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2038-3.262	0.2879	136	0.1634	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.262-3.3246	0.2079	139	0.1531	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3246-3.3924	0.1812	141	0.143	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3924-3.466	0.1987	140	0.1415	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.466-3.5465	0.212	142	0.1496	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5465-3.6351	0.1904	135	0.135	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6351-3.7332	0.2031	139	0.1323	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7332-3.8428	0.2037	135	0.1225	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8428-3.9665	0.1894	141	0.1131	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9665-4.108	0.1574	139	0.1094	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
4.108-4.272	0.1835	142	0.1046	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
4.272-4.4658	0.1642	137	0.1001	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4658-4.7003	0.162	137	0.0989	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7003-4.9935	0.1344	144	0.0917	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9935-5.3769	0.1687	133	0.1035	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3769-5.9141	0.1641	147	0.1225	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9141-6.7609	0.1643	145	0.1416	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7609-8.4842	0.2106	141	0.1602	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4842-29.4996	0.1797	143	0.1726	3001	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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