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- PDB-6bjq: Eubacterium eligens beta-glucuronidase bound to glucuronic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bjq
タイトルEubacterium eligens beta-glucuronidase bound to glucuronic acid
要素Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / Beta-glucuronidase / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranuronic acid / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium eligens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: Gut Microbial beta-Glucuronidase Inhibition via Catalytic Cycle Interception.
著者: Pellock, S.J. / Creekmore, B.C. / Walton, W.G. / Mehta, N. / Biernat, K.A. / Cesmat, A.P. / Ariyarathna, Y. / Dunn, Z.D. / Li, B. / Jin, J. / James, L.I. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4152
ポリマ－72,2211
非ポリマー1941
水1,15364
1
A: Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,6598
ポリマ－288,8834
非ポリマー7774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area19520 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area75130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.788, 179.788, 134.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-842-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycoside Hydrolase Family 2 candidate b-glucuronidase


分子量: 72220.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium eligens (strain ATCC 27750 / VPI C15-48) (バクテリア)
株: ATCC 27750 / VPI C15-48 / 遺伝子: EUBELI_20590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4Z6Z2
#2: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG 400, 0.1 M Bis-tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.965 Å / Num. obs: 35651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 4649 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.149 / Rrim(I) all: 0.564 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→29.965 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 1961 5.6 %
Rwork0.2179 --
obs0.2192 35008 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4804 0 13 64 4881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7466693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.62908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.76750.30911330.27052192X-RAY DIFFRACTION94
2.7675-2.84230.31671320.28892235X-RAY DIFFRACTION94
2.8423-2.92590.36471320.28832229X-RAY DIFFRACTION95
2.9259-3.02020.32191320.28252296X-RAY DIFFRACTION97
3.0202-3.12810.30021380.26082329X-RAY DIFFRACTION98
3.1281-3.25320.34141390.2532340X-RAY DIFFRACTION99
3.2532-3.4010.27521400.26792362X-RAY DIFFRACTION99
3.401-3.58010.24521400.23862367X-RAY DIFFRACTION100
3.5801-3.8040.2561420.22642397X-RAY DIFFRACTION100
3.804-4.0970.24061430.20242395X-RAY DIFFRACTION100
4.097-4.5080.22321440.18572409X-RAY DIFFRACTION100
4.508-5.15750.16851440.17322427X-RAY DIFFRACTION100
5.1575-6.4870.20521470.19692469X-RAY DIFFRACTION100
6.487-29.96650.21031550.1982600X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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