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- PDB-6ec3: Crystal Structure of EvdMO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ec3
タイトルCrystal Structure of EvdMO1
要素Methyltransferase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / oxidoreductase / methyltransferase / Rossmann-like fold / SAM-dependent / nonheme iron AKG-dependent oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


phytanoyl-CoA dioxygenase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora carbonacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
Model detailsfull-length
データ登録者McCulloch, K.M. / Iverson, T.M. / Starbird, C.A. / Perry, N.A. / Chen, Q. / Berndt, S. / Yamakawa, I. / Loukachevitch, L.V.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
American Heart Association12GRNT11920011 米国
American Heart Association14GRNT20390021 米国
American Heart Association16PRE30180007 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI106987 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32HL007751 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: The Structure of the Bifunctional Everninomicin Biosynthetic Enzyme EvdMO1 Suggests Independent Activity of the Fused Methyltransferase-Oxidase Domains.
著者: Starbird, C.A. / Perry, N.A. / Chen, Q. / Berndt, S. / Yamakawa, I. / Loukachevitch, L.V. / Limbrick, E.M. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. / McCulloch, K.M.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase domain-containing protein
B: Methyltransferase domain-containing protein
C: Methyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,0909
ポリマ－156,2863
非ポリマー8046
水00
1
A: Methyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3633
ポリマ－52,0951
非ポリマー2682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3633
ポリマ－52,0951
非ポリマー2682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Methyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3633
ポリマ－52,0951
非ポリマー2682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.633, 191.633, 269.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...
21(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...
31(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A-13 - -7
121(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A1 - 29
131(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A40 - 120
141(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A122 - 148
151(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A150 - 160
161(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A164
171(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A166 - 172
181(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A195 - 210
191(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A240 - 285
1101(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A288 - 430
1111(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A432 - 442
1121(chain A and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...A500 - 501
211(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B-13 - -7
221(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B1 - 29
231(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B-13 - 148
241(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B0
251(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B166 - 1772
261(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B212 - 217
271(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B-13 - 442
281(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B212 - 217
291(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B219 - 285
2101(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B288 - 430
2111(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B432 - 442
2121(chain B and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...B500 - 501
311(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C-13 - -7
321(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C1 - 29
331(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C-13 - 148
341(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C0
351(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C166 - 1772
361(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C212 - 217
371(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C-13 - 442
381(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C212 - 217
391(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C219 - 285
3101(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C288 - 430
3111(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C432 - 442
3121(chain C and (resseq -13:-7 or resseq 1:29 or resseq...C500 - 501

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase domain-containing protein


分子量: 52095.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora carbonacea (バクテリア)
遺伝子: GA0070563_112238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1C5AE13
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
配列の詳細Residues 100, 219, 232, and 444 are confirmed to be His, Thr, Ala, and Ser respectively. This was ...Residues 100, 219, 232, and 444 are confirmed to be His, Thr, Ala, and Ser respectively. This was verified by construct sequencing prior to the crystallization experiment.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.94 % / Mosaicity: 0.501 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 22% PEG3350, 200 mM Li2SO4, 100 mM Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 34942 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 121.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.263 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 248070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.35-3.417.10.92617590.6690.3610.9981.21598.8
3.41-3.477.10.77117590.7460.3010.8311.22498.4
3.47-3.547.10.62217610.8450.2420.6711.23898.4
3.54-3.617.10.49117630.9190.190.5281.22698.2
3.61-3.697.10.3617620.9480.1390.3871.23598.3
3.69-3.777.20.27317460.9680.1050.2941.24797.8
3.77-3.877.10.25917510.9680.10.2791.28597.9
3.87-3.977.20.18717530.9860.0720.2011.2797.4
3.97-4.097.20.15617680.990.060.1681.28897.5
4.09-4.227.20.12817290.9920.0490.1371.32697.2
4.22-4.377.10.09617690.9950.0370.1041.28896.8
4.37-4.557.10.07817410.9960.030.0841.30396.7
4.55-4.757.20.06517380.9970.0250.071.29296.7
4.75-57.20.06117440.9970.0230.0661.3295.9
5-5.327.10.05717420.9980.0220.0621.31295.2
5.32-5.7370.05617310.9980.0220.0611.36895.4
5.73-6.370.0517260.9980.020.0541.35494.2
6.3-7.217.10.04217470.9990.0160.0461.28994
7.21-9.087.20.03317230.9990.0120.0351.1791.9
9.08-506.80.02717300.9990.0110.031.00487.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T38, 3BUS

5t38

3bus


解像度: 3.35→45.641 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 1812 5.2 %
Rwork0.2207 --
obs0.2229 34838 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 284.89 Å2 / Biso mean: 140.0268 Å2 / Biso min: 79.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.35→45.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9698 0 45 0 9743
Biso mean--169.13 --
残基数----1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57513515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9635900
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5750X-RAY DIFFRACTION5.964TORSIONAL
12B5750X-RAY DIFFRACTION5.964TORSIONAL
13C5750X-RAY DIFFRACTION5.964TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.35-3.44060.34991280.34092555268399
3.4406-3.54180.41171290.31212607273699
3.5418-3.6560.33731410.27732540268198
3.656-3.78670.3151750.25552528270398
3.7867-3.93820.23651670.2432537270498
3.9382-4.11730.3171460.21152541268797
4.1173-4.33420.30411050.20272591269697
4.3342-4.60550.25081220.19462572269497
4.6055-4.96070.22741720.19292505267796
4.9607-5.45920.2321310.20632538266995
5.4592-6.24750.28761360.24022534267095
6.2475-7.86460.25561490.22932517266694
7.8646-45.64480.23821110.19772461257286
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9460.23770.41853.5448-0.94362.8748-0.02540.2552-0.19140.920.0148-0.55470.63450.03870.05441.5884-0.2667-0.22660.8065-0.10110.9151-29.720430.720218.0667
23.30680.35361.61593.044-0.11093.97320.1212-0.3991-0.41231.2418-0.13780.7613-0.3412-0.1221-0.06461.5125-0.43710.42051.1178-0.28511.3442-64.626811.902110.9851
34.1329-1.38680.94671.68490.20353.03290.28550.31770.0043-0.5170.21940.25150.2506-0.032-0.57631.1348-0.0898-0.32540.68490.24021.6958-12.26-13.189242.6915
43.38620.2391-0.08234.58620.76133.00510.2194-0.5407-0.890.25810.17790.0918-0.1763-1.1506-0.38220.95410.20370.16641.1570.49671.7334-33.998318.696854.0071
51.96390.33970.09973.210.56623.551-0.5-0.20890.5869-0.2201-0.04320.0965-0.42770.03640.51691.23930.3047-0.41031.0367-0.09130.9354-42.8631-17.3336-0.5525
62.7604-1.31741.29744.7427-0.40142.04720.2009-0.41520.02240.1462-0.64260.8651-0.2653-0.62860.42630.98820.2064-0.09161.8963-0.15570.8645-45.8757-30.730137.3809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -13 through 231 )A-13 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 232 through 442 )A232 - 442
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -13 through 231 )B-13 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 232 through 442 )B232 - 442
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid -13 through 231 )C-13 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 232 through 442 )C232 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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