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- PDB-6eas: Co-crystal of pseudokinase DRIK1 (drought responsive inactive kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eas
タイトルCo-crystal of pseudokinase DRIK1 (drought responsive inactive kinase 1) bound to ENMD-2076
要素drought responsive inactive kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Receptor-like kinase / pseudokinase / maize / ENMD-2076 / Structural Genomics Consortium / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J3A / Protein kinase domain-containing protein / Protein kinase superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Aquino, B. / Counago, R.M. / Fala, A.M. / Massirer, K.B. / Elkins, J.M. / Arruda, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-crystal of pseudokinase DRIK1 with ENMD-2076
著者: Aquino, B. / Counago, R.M. / Fala, A.M. / Massirer, K.B. / Elkins, J.M. / Arruda, P.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: drought responsive inactive kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2533
ポリマ－34,7861
非ポリマー4682
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.506, 61.790, 65.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 drought responsive inactive kinase 1 / DRIK1


分子量: 34785.602 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 183-488) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pNIC28a-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4F901, UniProt: C0P4K9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-J3A / 6-(4-methylpiperazin-1-yl)-N-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)-2-[(E)-2-phenylethenyl]pyrimidin-4-amine / ENMD-2076


分子量: 375.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1 mM zinc chloride, 22% PEG6000, 100 mM MES, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.91 Å / Num. obs: 17144 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) all: 0.06 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 8360 / Num. unique obs: 1238 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.537 / Rrim(I) all: 1.025 / Χ2: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CPY

6cpy


解像度: 2→28.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.343 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25136 753 4.4 %RANDOM
Rwork0.20741 ---
obs0.20947 16362 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 34 52 2073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0142062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.6582799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8881.6344204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7695260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87321.15895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80715319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0724.7191049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0724.7181048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2667.0661306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2657.0671307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4284.981013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4274.981013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9937.3631494
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.85157.0332360
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.85257.0362361
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 57 -
Rwork0.288 1176 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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