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- PDB-6ea7: Structure of EBOV GPcl in complex with the pan-ebolavirus mAb ADI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ea7
タイトルStructure of EBOV GPcl in complex with the pan-ebolavirus mAb ADI-15878
要素
  • (ADI-15878 Fab ...) x 2
  • (Envelope glycoprotein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / mAb / GP / glycoprotein / Ebola / EBOV / antibody / BDBV / bundibugyo / neutralization / immune / bnAb / complex / filovirus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者West, B.R. / Moyer, C.L. / King, L.B. / Fusco, M.L. / Milligan, J.C. / Hui, S. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI132204 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Pan-Ebolavirus Neutralization by a Human Antibody against a Conserved, yet Cryptic Epitope.
著者: West, B.R. / Moyer, C.L. / King, L.B. / Fusco, M.L. / Milligan, J.C. / Hui, S. / Saphire, E.O.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
C: Envelope glycoprotein
D: Envelope glycoprotein
E: Envelope glycoprotein
F: Envelope glycoprotein
H: ADI-15878 Fab Heavy Chain
L: ADI-15878 Fab Light Chain
M: ADI-15878 Fab Heavy Chain
N: ADI-15878 Fab Light Chain
Q: ADI-15878 Fab Heavy Chain
R: ADI-15878 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,19118
ポリマ－233,90212
非ポリマー5,2896
水00
1
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
C: Envelope glycoprotein
D: Envelope glycoprotein
E: Envelope glycoprotein
F: Envelope glycoprotein
H: ADI-15878 Fab Heavy Chain
L: ADI-15878 Fab Light Chain
M: ADI-15878 Fab Heavy Chain
N: ADI-15878 Fab Light Chain
ヘテロ分子

Q: ADI-15878 Fab Heavy Chain
R: ADI-15878 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,19118
ポリマ－233,90212
非ポリマー5,2896
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z+1/31
Buried area51300 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area88840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.781, 152.781, 247.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 17778.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P87666, UniProt: Q05320*PLUS
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 12352.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O11457, UniProt: Q05320*PLUS

-
抗体 , 2種, 6分子 HMQLNR

#3: 抗体 ADI-15878 Fab Heavy Chain


分子量: 24743.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 抗体 ADI-15878 Fab Light Chain


分子量: 23093.479 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
糖 , 4種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1479.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, and 10% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→56.08 Å / Num. obs: 24218 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 173.1 % / Biso Wilson estimate: 133 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 4.25→4.4 Å / 冗長度: 162.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4317 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HJ3

5hj3


解像度: 4.25→56.08 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 34.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3239 3767 8.28 %
Rwork0.2795 --
obs0.2832 45500 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.25→56.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15799 0 355 0 16154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65522631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9829836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2502-4.3040.38281300.36911497X-RAY DIFFRACTION100
4.304-4.36060.38221520.36371609X-RAY DIFFRACTION100
4.3606-4.42040.37811380.361539X-RAY DIFFRACTION100
4.4204-4.48350.40711380.34361572X-RAY DIFFRACTION100
4.4835-4.55040.37011320.34051508X-RAY DIFFRACTION100
4.5504-4.62150.35161380.33031570X-RAY DIFFRACTION100
4.6215-4.69720.35181420.32881544X-RAY DIFFRACTION100
4.6972-4.77820.36571480.33641565X-RAY DIFFRACTION100
4.7782-4.86510.34111400.32561507X-RAY DIFFRACTION100
4.8651-4.95860.37771480.31711541X-RAY DIFFRACTION100
4.9586-5.05980.34451400.31551548X-RAY DIFFRACTION100
5.0598-5.16980.33721400.30541548X-RAY DIFFRACTION100
5.1698-5.290.32361360.28431560X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.42220.34141420.27881525X-RAY DIFFRACTION100
5.4222-5.56880.36511440.29131544X-RAY DIFFRACTION100
5.5688-5.73250.3421380.29861544X-RAY DIFFRACTION100
5.7325-5.91740.30091420.27341564X-RAY DIFFRACTION100
5.9174-6.12880.35471300.28681561X-RAY DIFFRACTION100
6.1288-6.3740.33251400.30911543X-RAY DIFFRACTION100
6.374-6.66380.38891380.28181542X-RAY DIFFRACTION100
6.6638-7.01480.35071420.27541528X-RAY DIFFRACTION100
7.0148-7.45370.37181340.28311541X-RAY DIFFRACTION100
7.4537-8.02830.31171450.26011577X-RAY DIFFRACTION100
8.0283-8.83460.30871360.2431529X-RAY DIFFRACTION100
8.8346-10.10910.26051400.21061560X-RAY DIFFRACTION100
10.1091-12.72150.25781420.22361541X-RAY DIFFRACTION100
12.7215-66.16410.28111320.24081526X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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