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- PDB-6ea6: Structure of VACV poxin 2'3' cGAMP-specific nuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ea6
タイトルStructure of VACV poxin 2'3' cGAMP-specific nuclease
要素Protein B2
キーワードHYDROLASE / Vaccina virus / nuclease / cGAS / cGAMP / poxvirus / innate immunity
機能・相同性Nucleopolyhedrovirus p26 protein / Poxin, virus / nuclease activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Poxin
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Eaglesham, J.B. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Viral and metazoan poxins are cGAMP-specific nucleases that restrict cGAS-STING signalling.
著者: Eaglesham, J.B. / Pan, Y. / Kupper, T.S. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein B2
C: Protein B2
B: Protein B2
D: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2864
ポリマ-100,2864
非ポリマー00
13,511750
1
A: Protein B2
B: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1432
ポリマ-50,1432
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
2
C: Protein B2
D: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1432
ポリマ-50,1432
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.026, 93.194, 94.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein B2


分子量: 25071.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / : Western Reserve / 遺伝子: VACWR184, B2R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01225
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES-NaOH pH 7.0, 20-22% PEG-2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.6 Å / Num. obs: 99918 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 38.6 % / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 22.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4418 / CC1/2: 0.558 / Rpim(I) all: 0.642 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.703→46.597 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1822 1994 2.13 %5
Rwork0.1599 ---
obs0.1603 93415 93.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.703→46.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 0 750 6910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1028562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8323710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7031-1.74570.2609860.24664007X-RAY DIFFRACTION57
1.7457-1.79290.27281540.2216626X-RAY DIFFRACTION96
1.7929-1.84570.20411480.20146959X-RAY DIFFRACTION100
1.8457-1.90520.23691220.19056029X-RAY DIFFRACTION86
1.9052-1.97330.18911360.16785749X-RAY DIFFRACTION83
1.9733-2.05240.21081400.1586115X-RAY DIFFRACTION88
2.0524-2.14580.19731490.15746962X-RAY DIFFRACTION100
2.1458-2.25890.20861490.15896969X-RAY DIFFRACTION100
2.2589-2.40040.16471570.1656965X-RAY DIFFRACTION100
2.4004-2.58570.17751500.17446967X-RAY DIFFRACTION100
2.5857-2.84590.19591500.16726959X-RAY DIFFRACTION100
2.8459-3.25760.20861500.16327000X-RAY DIFFRACTION100
3.2576-4.10390.13571500.13967004X-RAY DIFFRACTION100
4.1039-46.61430.16551530.14377110X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2694-0.11460.42612.1524-0.05392.07760.11620.1712-0.0436-0.15140.0472-0.46380.07670.5725-0.17560.16960.03070.03260.2689-0.05550.24918.16737.0183-1.7771
22.93580.99741.60323.17171.53313.00770.1597-0.38970.05180.3751-0.11160.01630.0379-0.0887-0.04160.2092-0.03260.00940.1994-0.01170.1262-1.781112.240113.9837
32.60420.2678-0.09093.58880.72484.7887-0.04060.194-0.0105-0.3617-0.0322-0.1407-0.05180.2960.00780.17980.01210.00790.1725-0.01330.1594-4.75979.2792-5.3502
42.15670.1575-0.16012.9283-0.13042.29180.1698-0.18730.25070.0997-0.1048-0.216-0.27780.1258-0.09910.2344-0.01970.01680.1924-0.02410.2059-0.724120.10528.1296
53.4895-0.6480.7592.93531.01113.77170.0397-0.09960.09450.1981-0.0845-0.10.08690.2481-0.04890.1483-0.03160.00850.1697-0.0360.15282.680314.09648.677
61.40.07390.79222.16060.33881.6130.08840.12880.0505-0.2891-0.07030.0652-0.03870.0156-0.0140.20030.0240.01120.1704-0.00960.158-8.16068.977-5.0576
73.44480.98290.12693.7986-1.37681.26870.2042-0.17470.1023-0.0555-0.24570.402-0.2031-0.8388-0.06540.2250.126-0.07010.3435-0.05820.2639-26.161613.6928-7.5376
81.93751.70691.75386.6444.90457.08880.06870.93440.1145-0.4541-0.71341.66830.1561-1.15090.05680.37360.0848-0.14220.6483-0.04490.7104-33.31168.6142-13.674
91.44450.86491.08750.95160.08252.28960.08240.4174-0.0301-0.3878-0.11440.2933-0.0694-0.32320.06590.28790.0852-0.10510.3126-0.0770.2382-18.30126.4983-14.9992
101.36-0.03141.65650.9510.372.93110.16430.1134-0.0031-0.3131-0.10450.333-0.1504-0.1824-0.07990.2110.0497-0.05890.2169-0.04890.2237-18.10237.2842-6.8635
112.6460.95271.37133.58610.41693.27460.3077-0.50210.42220.3996-0.14290.56610.2174-0.7125-0.20180.2078-0.07360.060.3428-0.00640.3646-22.6684-14.6058-43.246
123.8076-0.41461.98434.0303-1.60963.30730.02260.65120.2143-0.4094-0.05880.3678-0.00880.04030.02480.27180.0528-0.03680.28860.02450.1951-13.7576-10.5792-60.1045
132.90910.57170.5423.8107-1.00295.07750.1194-0.18150.1550.2453-0.1070.1478-0.192-0.30610.00780.12940.00570.01830.1447-0.01670.165-10.1176-12.484-40.5796
142.6492-0.07790.13474.8611-0.25962.91790.14470.18490.5562-0.2944-0.11450.5676-0.3368-0.13330.03730.24850.0456-0.00070.2160.01980.3387-14.4155-2.2527-54.6447
154.08951.48280.25643.8229-0.32933.21560.01650.35470.1724-0.3991-0.04610.51910.1084-0.30920.01040.17970.0599-0.04910.2260.03440.2759-17.8997-8.1346-54.7113
161.1849-0.04781.1621.8899-0.17282.02740.05-0.10320.04790.0887-0.07890.10980.1715-0.0813-0.0280.13790.01290.04020.1826-0.00270.1593-9.5069-14.8123-42.5053
173.3975-0.16310.62183.1163-0.37442.52270.01250.15920.35690.0445-0.0708-0.2537-0.26870.29550.02590.1649-0.05120.01560.17220.01820.17267.2598-8.2833-38.5936
183.457-0.18440.04716.5073-2.32075.7112-0.2389-0.2397-0.09970.5351-0.2988-1.657-0.18341.2371-0.11160.2039-0.0317-0.01270.4658-0.02960.553418.5782-13.4996-33.168
191.558-0.34680.32881.3192-0.11672.647-0.0194-0.17440.06890.1848-0.1045-0.17150.04240.14990.02720.1678-0.0254-0.00360.17280.00280.14783.4265-14.8167-30.4164
201.416-0.50081.29831.0766-0.28522.55770.07520.04160.07160.0439-0.0525-0.0456-0.08370.0967-0.02070.1535-0.01290.01780.16630.00680.17443.0868-14.4672-39.4368
213.6708-0.8365-1.46053.1950.72942.57080.29520.6528-0.417-0.2668-0.2430.479-0.1663-0.6409-0.04610.31060.0891-0.05230.4465-0.05060.5548-35.6335-7.6117-2.3128
223.73940.2639-1.213.4637-0.45543.5838-0.0753-0.8967-0.32860.44340.0130.43930.1001-0.2958-0.04090.2978-0.07340.08040.410.0020.3318-26.7721-11.200814.6482
233.7467-0.46951.1853.5875-0.73737.2640.04430.1588-0.1367-0.2015-0.18570.36770.2769-0.49530.04240.1775-0.0251-0.00440.2465-0.08570.2798-23.1162-9.5418-4.8022
245.2447-0.41360.18793.6629-0.65492.65170.1341-0.5292-0.42680.38730.0020.43040.1256-0.3809-0.02550.2826-0.05910.0280.32760.03340.3967-29.3851-16.24129.3287
252.5616-0.2069-0.76072.5292-0.35892.29680.1460.1088-0.0881-0.0664-0.20040.3439-0.0153-0.0157-0.06750.18930.0049-0.04070.2332-0.05910.2911-22.4559-7.3217-3.0032
263.6346-0.328-0.62382.38920.21973.53320.0170.1501-0.1732-0.0515-0.0565-0.165-0.00020.23790.06680.18220.0177-0.02010.1703-0.04280.1642-3.2979-10.5984-10.649
271.1943-0.0154-1.10151.0530.36842.87130.10360.0532-0.0802-0.0952-0.05770.09190.1003-0.0406-0.03780.20090.0085-0.00420.1915-0.02860.1776-9.738-7.6811-5.9382
282.28670.2161-0.41463.069-0.28282.67110.1838-0.0733-0.1380.178-0.0828-0.8237-0.17210.6508-0.12010.1724-0.0421-0.0180.2697-0.01340.421720.4038-29.1943-43.2225
293.2613-0.8137-0.61853.18430.78822.64610.20230.7287-0.0055-0.6202-0.1378-0.3575-0.05450.1235-0.03030.30060.05980.07460.2997-0.0320.229211.2869-34.1113-59.6853
303.4324-0.2911.46963.20380.83786.5626-0.098-0.1578-0.12160.14210.0598-0.2797-0.01830.316-0.02040.13340.0162-0.00640.15870.00540.18947.9639-31.4492-40.4308
313.3313-0.15330.33642.66030.98982.66840.20130.3824-0.1304-0.4319-0.086-0.47850.0910.2675-0.11760.22010.06020.07220.2314-0.0430.286614.1122-38.6854-54.1149
321.6513-0.2691-0.23942.06790.17661.8770.0095-0.0526-0.0137-0.0473-0.0746-0.1924-0.041-0.01150.01410.12270.00330.00260.1508-0.00080.18017.3638-29.241-42.305
334.3917-0.654-1.21662.3767-0.10291.64840.0550.1617-0.26960.0842-0.120.21770.1005-0.3020.03370.1476-0.0304-0.00530.1642-0.00980.1889-9.4207-35.8789-37.7232
344.45821.69831.70596.47555.30156.5127-0.2153-0.66030.41450.2895-0.91582.1982-0.2132-1.06670.09490.279-0.0080.03460.3937-0.04830.6404-20.7279-30.9289-32.2384
351.92690.76780.5943.01850.95281.68460.0936-0.308-0.00340.5104-0.22720.21070.0554-0.09950.06910.1832-0.03770.02140.1547-0.00620.1433-5.6072-28.5279-30.1558
361.09260.1951-1.29621.40.51453.27080.12720.0036-0.10180.1411-0.09480.09570.0828-0.1346-0.05640.161-0.0026-0.00860.1708-0.00110.1589-5.3532-29.5487-39.0777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 66 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 67 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 98 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 99 through 124 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 125 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 138 through 150 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 151 through 164 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 165 through 194 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 29 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 30 through 49 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 50 through 66 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 67 through 79 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 80 through 98 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 99 through 117 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 118 through 137 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 138 through 150 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 151 through 163 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 164 through 194 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 2 through 29 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 30 through 49 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 50 through 66 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 67 through 98 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 99 through 117 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 118 through 163 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 164 through 194 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 2 through 29 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 30 through 49 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 50 through 66 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 67 through 98 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 99 through 117 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 118 through 137 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 138 through 150 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 151 through 163 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 164 through 194 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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