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- PDB-6e9w: Crystal structure of Rock1 with a pyridinylbenzamide based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e9w
タイトルCrystal structure of Rock1 with a pyridinylbenzamide based inhibitor
要素Rho-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Rock1 / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / podocyte cell migration / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of phosphatase activity / regulation of keratinocyte differentiation / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis ...regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / podocyte cell migration / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of phosphatase activity / regulation of keratinocyte differentiation / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / response to transforming growth factor beta / : / regulation of cell junction assembly / positive regulation of dephosphorylation / negative regulation of bicellular tight junction assembly / bleb / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / neuron projection arborization / embryonic morphogenesis / bleb assembly / negative regulation of biomineral tissue development / leukocyte tethering or rolling / regulation of synapse maturation / positive regulation of amyloid-beta clearance / actomyosin structure organization / regulation of establishment of endothelial barrier / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of stress fiber assembly / regulation of cell motility / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / regulation of establishment of cell polarity / RHOBTB1 GTPase cycle / motor neuron apoptotic process / RND3 GTPase cycle / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of neuron differentiation / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / RHOB GTPase cycle / tau-protein kinase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RHOC GTPase cycle / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of focal adhesion assembly / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / regulation of cell adhesion / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / regulation of cell migration / centriole / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of protein binding / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / tau protein binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / VEGFA-VEGFR2 Pathway / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J0P / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Judge, R.A. / Hobson, A.D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of Selective Dual ROCK1 and ROCK2 Inhibitors Using Structure Based Drug Design.
著者: Hobson, A.D. / Judge, R.A. / Aguirre, A.L. / Brown, B.S. / Cui, Y. / Ding, P. / Dominguez, E. / DiGiammarino, E. / Egan, D.A. / Freiberg, G.M. / Gopalakrishnan, S.M. / Harris, C.M. / Honore, ...著者: Hobson, A.D. / Judge, R.A. / Aguirre, A.L. / Brown, B.S. / Cui, Y. / Ding, P. / Dominguez, E. / DiGiammarino, E. / Egan, D.A. / Freiberg, G.M. / Gopalakrishnan, S.M. / Harris, C.M. / Honore, M.P. / Kage, K.L. / Kapecki, N.J. / Ling, C. / Ma, J. / Mack, H. / Mamo, M. / Maurus, S. / McRae, B. / Moore, N.S. / Mueller, B.K. / Mueller, R. / Namovic, M.T. / Patel, K. / Pratt, S.D. / Putman, C.B. / Queeney, K.L. / Sarris, K.K. / Schaffter, L.M. / Stoll, V.S. / Vasudevan, A. / Wang, L. / Wang, L. / Wirthl, W. / Yach, K.
履歴
登録2018年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6995
ポリマ－102,9102
非ポリマー7893
水3,117173
1
A: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子

B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6995
ポリマ－102,9102
非ポリマー7893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_444-x-1,-x+y-1,-z-2/31
Buried area4170 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area34770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.632, 180.632, 90.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated protein kinase 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / ...Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / coiled-coil-containing protein kinase I / ROCK-I / p160 ROCK-1 / p160ROCK


分子量: 51454.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1 / 細胞株 (発現宿主): 83-Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-J0P / N-[(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)methyl]-4-(pyridin-4-yl)benzamide


分子量: 346.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N2O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1-1.5 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 6.2 to 6.6, 0.5 M ammonium sulfate
PH範囲: 6.2 - 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→156.43 Å / Num. obs: 35458 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 91.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.96→3.2 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 7244 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.206 / Rrim(I) all: 0.603 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→24.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU R Cruickshank DPI: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.459 / SU Rfree Blow DPI: 0.315 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.322
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1802 5.09 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 35369 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 182.65 Å2 / Biso mean: 81.57 Å2 / Biso min: 39.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0904 Å20 Å20 Å2
2---4.0904 Å20 Å2
3---8.1808 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→24.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6231 0 57 173 6461
Biso mean--68.62 69.53 -
残基数----763
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2257SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1156HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6477HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion783SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7426SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6477HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8778HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.77
LS精密化 シェル解像度: 2.96→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4157 24 3.39 %
Rwork0.2495 684 -
all0.2545 708 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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