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- PDB-6e9b: Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e9b
タイトルBacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B in complex with mixed-linkage heptasaccharide
要素Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / tetratricopeptide repeat / outer membrane protein / binding protein
機能・相同性Immunoglobulin-like fold / PKD domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Tamura, K. / Gardill, B.R. / Brumer, H. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: Surface glycan-binding proteins are essential for cereal beta-glucan utilization by the human gut symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Tamura, K. / Foley, M.H. / Gardill, B.R. / Dejean, G. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E. / Louise Creagh, A. / van Petegem, F. / Koropatkin, N.M. / Brumer, H.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
B: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
C: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
D: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,82715
ポリマ－182,7134
非ポリマー2,11411
水1,20767
1
A: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0635
ポリマ－45,6781
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8703
ポリマ－45,6781
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8703
ポリマ－45,6781
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0234
ポリマ－45,6781
非ポリマー1,3453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.292, 242.207, 75.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B


分子量: 45678.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7LY28
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a3-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e3-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.59 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M phosphate-citrate, 20% (w/v) PEG1000
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 50094 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.42 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.15→3.34 Å / 冗長度: 7.44 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 7894 / CC1/2: 0.651 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 6.0E+57 / 解像度: 3.15→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU R Cruickshank DPI: 1.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.02 / SU Rfree Blow DPI: 0.398 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.407
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2505 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 50093 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 207.63 Å2 / Biso mean: 100.53 Å2 / Biso min: 30.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.5401 Å20 Å20 Å2
2---7.0024 Å20 Å2
3----3.5377 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11168 0 128 67 11363
Biso mean--103.99 59.23 -
残基数----1514
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3706SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1983HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11486HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1673SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12882SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11486HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15726HARMONIC21.32
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.63
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3271 50 4.99 %
Rwork0.2721 952 -
all0.2748 1002 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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