PDB-6e98: Solution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Phanerochaet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+98

タイトル

Solution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Phanerochaete carnosa

要素

Hydrophobin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Hydrophobin

機能・相同性

Fungal hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobins / structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / extracellular region / Hydrophobin

機能・相同性情報

生物種

Phanerochaete carnosa

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Kenward, C. / Langelaan, D.N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Phanerochaete carnosa
著者: Kenward, C. / Langelaan, D.N.

履歴

登録	2018年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e98.cif.gz	474.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e98.ent.gz	405.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e98_validation.pdf.gz	533.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e98_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6e98_validation.xml.gz	111.5 KB	表示
CIF形式データ	6e98_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mi7-d 1en8-1 3aqe-3 5w0y-d 3aqe-4 2xvt-7 2w2u-2 6msv-5 2w2u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30504Solution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Phanerochaete carnosa

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrophobin

8.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hydrophobin 分子量: 8286.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phanerochaete carnosa (strain HHB-10118-sp) (菌類) 株: HHB-10118-sp / 遺伝子: PHACADRAFT_78259 / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle / 参照: UniProt: K5VRK4

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	3D HNCO
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	1	3D HN(CA)CO
1	5	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	9	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	14	1	isotropic	1	3D (H)CCH-COSY
1	13	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	8	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	12	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	2	isotropic	2	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	800 uM [U-13C; U-15N] PC1, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O	PC1	90% H2O/10% D2O
solution	2	110 uM [U-15N] PC1, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 100% D2O	PC1	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
800 uM	PC1	[U-13C; U-15N]	1
20 mM	MES	natural abundance	1
50 mM	sodium chloride	natural abundance	1
1 mM	sodium azide	natural abundance	1
110 uM	PC1	[U-15N]	2
20 mM	MES	natural abundance	2
50 mM	sodium chloride	natural abundance	2

試料状態

イオン強度: 70 mM / Label: Condition 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	800	1
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	700	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin		Bruker Biospin	collection
ARIA	2.3.1	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
NMRDraw		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Analysis		CCPN	chemical shift assignment
ARIA	2.3.1	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
Analysis		CCPN	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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