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- PDB-6e8j: Crystal Structure of A Bacterial Homolog to Human Lysosomal Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8j
タイトルCrystal Structure of A Bacterial Homolog to Human Lysosomal Transporter, Spinster, in Inward-facing And Occupied Conformation
要素Major facilitator family transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / antiporter / Major facilitator superfamily / spinster homolog
機能・相同性Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / Major facilitator family transporter
機能・相同性情報
生物種Hyphomonas neptunium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.091 Å
データ登録者Zhou, F. / Yao, D. / Rao, B. / Zhang, L. / Cao, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1632132 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670849 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFC1001303 中国
引用ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a bacterial homolog to human lysosomal transporter, spinster
著者: Zhou, F. / Yao, D. / Rao, B. / Zhang, L. / Nie, W. / Zou, Y. / Zhao, J., / Cao, Y.
履歴
登録2018年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major facilitator family transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2911
ポリマ－54,2911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.709, 89.419, 122.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major facilitator family transporter / Spinster-like protein


分子量: 54291.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyphomonas neptunium (strain ATCC 15444) (バクテリア)
株: ATCC 15444 / 遺伝子: HNE_0949 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0C3L7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 32.5%(v/v) PEG 400, 100 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 18325 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 3.09→3.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.091→44.71 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2976 3382 9.89 %
Rwork0.2572 --
obs0.2612 18325 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.091→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 0 0 0 3519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1384943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8262061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0909-3.13510.41081250.39321168X-RAY DIFFRACTION91
3.1351-3.18190.41181500.35591313X-RAY DIFFRACTION100
3.1819-3.23160.37511430.35681283X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.28450.35321430.30611297X-RAY DIFFRACTION100
3.2845-3.34110.34031300.28511271X-RAY DIFFRACTION100
3.3411-3.40190.3141350.26781292X-RAY DIFFRACTION100
3.4019-3.46730.30981410.26891273X-RAY DIFFRACTION100
3.4673-3.5380.32711450.25581311X-RAY DIFFRACTION100
3.538-3.61490.29431290.26661294X-RAY DIFFRACTION100
3.6149-3.6990.34921490.25081312X-RAY DIFFRACTION100
3.699-3.79140.25351330.23631261X-RAY DIFFRACTION100
3.7914-3.89390.27781450.21631319X-RAY DIFFRACTION100
3.8939-4.00840.30791430.23211246X-RAY DIFFRACTION99
4.0084-4.13770.26631420.23551276X-RAY DIFFRACTION100
4.1377-4.28550.30121500.23471293X-RAY DIFFRACTION100
4.2855-4.45690.30331410.23631294X-RAY DIFFRACTION100
4.4569-4.65950.26051510.22251287X-RAY DIFFRACTION100
4.6595-4.90490.22531440.20781294X-RAY DIFFRACTION100
4.9049-5.21180.28821420.21361287X-RAY DIFFRACTION100
5.2118-5.61350.29071480.2581266X-RAY DIFFRACTION100
5.6135-6.17710.35211400.26721285X-RAY DIFFRACTION100
6.1771-7.06790.27021340.26051295X-RAY DIFFRACTION100
7.0679-8.89330.22411350.22911311X-RAY DIFFRACTION100
8.8933-44.71420.36051440.32321278X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.0704 Å / Origin y: -2.802 Å / Origin z: 14.1661 Å
111213212223313233
T0.5439 Å2-0.032 Å20.0077 Å2-0.5206 Å2-0.0055 Å2--0.5509 Å2
L0.0387 °20.009 °20.0156 °2-0.0357 °2-0.0051 °2--0.0223 °2
S-0.0327 Å °0.0895 Å °-0.0265 Å °-0.1049 Å °0.0277 Å °-0.0082 Å °-0.008 Å °0.0317 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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