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万見
- PDB-6e84: Crystal structure of the Corn aptamer in complex with TO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+84
タイトルCrystal structure of the Corn aptamer in complex with TO
要素RNA (36-MER)
キーワードRNA / polyribonucleotide / fluorigenic aptamer / G-quadruplex / thiazole orange
機能・相同性Chem-J0D / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Sjekloca, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Binding between G Quadruplexes at the Homodimer Interface of the Corn RNA Aptamer Strongly Activates Thioflavin T Fluorescence.
著者: Sjekloca, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1393
ポリマ－11,7941
非ポリマー3452
水00
1
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2776
ポリマ－23,5882
非ポリマー6894
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.611, 128.611, 40.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

J0D

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要素

#1: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11794.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-J0D / 1-methyl-4-[(Z)-(3-methyl-1,3-benzothiazol-2(3H)-ylidene)methyl]quinolin-1-ium / Thiazole orange / 1-メチル-4-[[(Z)-3-メチル-2,3-ジヒドロベンゾチアゾ-ル-2-イリデン]メチル]キノリニウム


分子量: 305.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 % PEG 4000, 5% PEG 400, 10% glycerol, 0.2 M ammonium acetate pH 6.7, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.5 mM thiazole orange

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→38.35 Å / Num. obs: 3104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 80.05 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 58519 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.85-2.92181.0492440.6840.251.079100
12.75-38.3515.50.0284210.0070.02898

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.72 Å64.29 Å
Translation4.72 Å64.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 6.0E+81 / 解像度: 2.901→38.346 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2931 293 9.98 %
Rwork0.2345 --
obs0.2401 2937 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 382.08 Å2 / Biso mean: 130.8393 Å2 / Biso min: 45.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→38.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 785 23 0 808
Biso mean--72.19 --
残基数----36
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4511410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.792431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9011-3.65470.36391440.294813031447
3.6547-38.34950.27121490.214813411490
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8221 Å / Origin y: 23.97 Å / Origin z: 7.1348 Å
111213212223313233
T0.2342 Å2-0.6335 Å20.0008 Å2-1.7129 Å2-0.3018 Å2--0.6205 Å2
L0.2038 °2-0.0707 °20.0898 °2-0.0275 °2-0.0138 °2--0.3009 °2
S0.2034 Å °-0.4164 Å °-0.1207 Å °0.0366 Å °-0.0958 Å °-0.0795 Å °0.5816 Å °-1.5486 Å °0.1333 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 36
2X-RAY DIFFRACTION1allD1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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