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万見
- PDB-6e6z: Structure of Wild Type Human Transthyretin in Complex with Tafamidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e6z
タイトルStructure of Wild Type Human Transthyretin in Complex with Tafamidis
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human transthyretin / amyloid / transthyretin / tafamidis
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3MI / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chung, K. / Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG048120 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Variants of Transthyretin
著者: Saelices, L. / Chung, K. / Esswein, S. / Chou, J. / Liang, W. / Li, J.H. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8284
ポリマ－25,2122
非ポリマー6162
水91951
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6578
ポリマ－50,4244
非ポリマー1,2324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.240, 84.260, 63.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

3MI

21A-201-

3MI

31B-201-

3MI

41B-201-

3MI

51B-201-

3MI

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12606.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) p:L / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-3MI / 2-(3,5-dichlorophenyl)-1,3-benzoxazole-6-carboxylic acid / Tafamidis / タファミジス


分子量: 308.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H7Cl2NO3 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (W/V) PEG-1000, 0.1M Imidazole, 0.2M Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→63.43 Å / Num. obs: 23032 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.816 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 24.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.7912.4340.7143.6416810.950.74498.5
1.79-1.8413.4650.5165.516080.9670.53699.9
1.84-1.913.370.3597.5615850.9840.373100
1.9-1.9513.2640.2610.0615630.9920.27199.8
1.95-2.0213.1110.20112.7314840.9940.2199.9
2.02-2.0912.5950.1714.6114510.9950.17799.8
2.09-2.1711.6140.13217.414130.9960.13899.8
2.17-2.2613.7350.10822.7413380.9980.112100
2.26-2.3613.670.10224.5113240.9980.106100
2.36-2.4713.580.08926.7612360.9980.093100
2.47-2.6113.3470.07630.3911850.9990.07999.9
2.61-2.7612.9120.06634.1311440.9990.06999.9
2.76-2.9512.1870.05837.9810490.9990.0699.6
2.95-3.1911.2110.05240.479930.9990.05499.8
3.19-3.513.1860.04349.779180.9990.044100
3.5-3.9112.7190.04252.598440.9990.04499.9
3.91-4.5112.5120.03954.257540.9990.04100
4.51-5.5311.4070.03853.156360.9990.04100
5.53-7.8211.0930.0451.085140.9980.04299
7.82-63.4311.4170.04152.93120.9990.043100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 1.75→63.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2298 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 22975 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.93 Å2 / Biso mean: 36.21 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1463 Å20 Å20 Å2
2--2.8799 Å20 Å2
3----8.0262 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→63.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 52 52 1882
Biso mean--30.83 37.13 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d620SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes285HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1916HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion251SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2123SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1916HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2632HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.65
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 277 10.02 %
Rwork0.1935 2488 -
all0.1979 2765 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12540.21570.33621.40340.7140.7766-0.04240.0878-0.1731-0.1465-0.05980.0211-0.022-0.18010.1022-0.049-0.01690.01550.0125-0.0375-0.046944.178129.730769.5817
20.6564-0.40510.07750.7192-0.02150.697-0.0975-0.0017-0.07710.10820.02230.02360.03170.03840.0751-0.01080.00410.009-0.02610.0219-0.012741.841529.026689.0933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A10 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B10 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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