PDB-6e6u: Variant C89S of Dieckmann cyclase, NcmC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e6u

タイトル

Variant C89S of Dieckmann cyclase, NcmC

要素

Dieckmann cyclase, NcmC

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dieckmann cyclase / off-loading / Dieckmann condensation

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / NcmC

機能・相同性情報

生物種

Saccharothrix syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Cogan, D.P. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Enzymatic Off-Loading of Hybrid Polyketides by Dieckmann Condensation.
著者: Cogan, D.P. / Ly, J. / Nair, S.K.

履歴

登録	2018年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2020年10月21日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _software.name
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e6u.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e6u.ent.gz	94.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e6u_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e6u_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	6e6u_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6e6u_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e6tC 6e6ySC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e6y-2 5drd-d 1xkt-2 6e6y-1 1h5a-d 6yrj-3 1h5e-d 3bkz-d 2z2w-d 4ymj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dieckmann cyclase, NcmC

B: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.361, 80.361, 78.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Dieckmann cyclase, NcmC 分子量: 28798.316 Da / 分子数: 2 / 変異: C89S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharothrix syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X9WEN9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 2.5% PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→80.36 Å / Num. obs: 71503 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.552→1.557 Å / R_merge(I) obs: 1.141

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E6Y

6e6y

解像度: 1.55→80.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.629 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21508	3570	5 %	RANDOM
R_work	0.17318	-	-	-
obs	0.17518	67900	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→80.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3936	0	10	519	4465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.084	1.967	5491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.158	3	8663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.916	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.39	22	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.879	15	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.231	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.322	2.118	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.32	2.117	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.24	3.167	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.241	3.167	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.477	2.474	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.461	2.472	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.092	3.564	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.421	27.885	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.465	26.66	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.552→1.592 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	296	-
R_work	0.254	4997	-
obs	-	-	99.89 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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