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万見
- PDB-6e61: Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+61
タイトルBacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-A in complex with mixed-linkage heptasaccharide
要素mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / tetratricopeptide repeat / outer membrane protein / binding protein
機能・相同性SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / SusD/RagB family nutrient-binding outer membrane lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Tamura, K. / Gardill, B.R. / Brumer, H. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: Surface glycan-binding proteins are essential for cereal beta-glucan utilization by the human gut symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Tamura, K. / Foley, M.H. / Gardill, B.R. / Dejean, G. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E. / Louise Creagh, A. / van Petegem, F. / Koropatkin, N.M. / Brumer, H.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
B: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8668
ポリマ－125,3872
非ポリマー2,4796
水7,566420
1
A: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8713
ポリマ－62,6931
非ポリマー1,1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9955
ポリマ－62,6931
非ポリマー1,3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.826, 92.943, 155.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B / Bacteroides ovatus surface glycan binding protein A from the mixed-linkage glucan utilization locus


分子量: 62693.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02743 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7LY27
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a3-b1_b4-c1_c4-d1_d3-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, 25% (w/v) PEG3350
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-3 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 43053 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.49 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.61
反射 シェル解像度: 2.51→2.66 Å / 冗長度: 5.37 % / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 6405 / CC1/2: 0.887 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DK2

6dk2


解像度: 2.51→39.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 2112 4.9 %RANDOM
Rwork0.1729 ---
obs0.1754 40942 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.68 Å2 / Biso mean: 28.427 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--2.03 Å2-0 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8175 0 166 420 8761
Biso mean--32.13 25.41 -
残基数----1038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0148548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9581.68511644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4011.66717013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07451036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16923.515458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.665151315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8811540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9992.9524150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9982.9514149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6974.4255184
LS精密化 シェル解像度: 2.511→2.576 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 124 -
Rwork0.256 2517 -
all-2641 -
obs--83.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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