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- PDB-6e5n: Solution structure of human Myosin VI isoform 3 (1050-1131) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5n
タイトルSolution structure of human Myosin VI isoform 3 (1050-1131) in complex with Clathrin light chain a (46-61)
要素
  • Clathrin light chain A
  • Unconventional myosin-VI
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin / Clathrin / Trafficking / Endocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / presynaptic endocytic zone membrane / regulation of secretion / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / minus-end directed microfilament motor activity / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / unconventional myosin complex ...postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / presynaptic endocytic zone membrane / regulation of secretion / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / minus-end directed microfilament motor activity / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / unconventional myosin complex / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / clathrin-coated vesicle membrane / clathrin coat assembly / LDL clearance / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin-dependent endocytosis / Trafficking of AMPA receptors / endolysosome membrane / RHOBTB1 GTPase cycle / inner ear morphogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / microfilament motor activity / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / microvillus / filamentous actin / Recycling pathway of L1 / cytoskeletal motor activity / RHOU GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / endocytic vesicle / RHOBTB2 GTPase cycle / VLDLR internalisation and degradation / ruffle / clathrin-coated pit / peptide binding / MHC class II antigen presentation / autophagosome / actin filament organization / trans-Golgi network membrane / actin filament / filopodium / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / spindle / ruffle membrane / endocytosis / apical part of cell / actin filament binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / actin binding / GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cell cortex / nuclear membrane / calmodulin binding / endosome / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / cell division / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain A / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Buel, G.R. / Walters, K.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Clathrin light chain A drives selective myosin VI recruitment to clathrin-coated pits under membrane tension.
著者: Biancospino, M. / Buel, G.R. / Nino, C.A. / Maspero, E. / Scotto di Perrotolo, R. / Raimondi, A. / Redlingshofer, L. / Weber, J. / Brodsky, F.M. / Walters, K.J. / Polo, S.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Unconventional myosin-VI
A: Clathrin light chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3652
ポリマ－12,3652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VI / Unconventional myosin-6


分子量: 9991.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO6, KIAA0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UM54
#2: タンパク質・ペプチド Clathrin light chain A / Lca


分子量: 2373.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09496

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D 1H-13C NOESY
152isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic12D 1H-13C HSQC
172isotropic13D 1H-13C NOESY
161isotropic23D HNCO
1101isotropic13D HN(CA)CB
1122isotropic13D HNCO
1112isotropic13D HN(CA)CB
1131isotropic1half-filtered 3D 1H-13C NOESY
1142isotropic1half-filtered 3D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.36 mM [U-13C; U-15N] Myosin VI 1050-1131, 0.36 mM None Clathrin Light Chain Alpha 46-61, 95% H2O/5% D2OAn additional 5 non-native amino acids from the vector are present at the N-terminal end of the Myosin VI construct. These are GPLGS. An additional 8 non-native amino acids from the vector are present at the N-terminal end of the Clathrin construct. These are GPLGSPEF. These are intrinsically disordered and not included in the structure calculations.CLCa_13C-15N-Myo695% H2O/5% D2O
solution20.4 mM None Myosin VI 1050-1131, 0.4 mM [U-13C; U-15N] Clathrin Light Chain Alpha 46-61, 95% H2O/5% D2OAn additional 5 non-native amino acids from the vector are present at the N-terminal end of the Myosin VI construct. These are GPLGS. An additional 8 non-native amino acids from the vector are present at the N-terminal end of the Clathrin construct. These are GPLGSPEF. These are intrinsically disordered and not included in the structure calculations.Myo6_13C-15N-CLCa95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.36 mMMyosin VI 1050-1131[U-13C; U-15N]1
0.36 mMClathrin Light Chain Alpha 46-61None1
0.4 mMMyosin VI 1050-1131None2
0.4 mMClathrin Light Chain Alpha 46-61[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl, 20 mM NaPO4 mM / Label: Conditions_all / pH: 6.5 / 圧: 760 mmHg / 温度: 283.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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