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- PDB-6e5g: Crystal structure of human TEAD2-Yap binding domain covalently bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5g
タイトルCrystal structure of human TEAD2-Yap binding domain covalently bound to an allosteric regulator
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis / vasculogenesis / embryonic organ development / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / disordered domain specific binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HUY / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer SocietyRSG-12-092-01-CDD 米国
引用
ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Small-Molecule Covalent Modification of Conserved Cysteine Leads to Allosteric Inhibition of the TEAD⋅Yap Protein-Protein Interaction.
著者: Bum-Erdene, K. / Zhou, D. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Ghozayel, M.K. / Si, Y. / Xu, D. / Shannon, H.E. / Bailey, B.J. / Corson, T.W. / Pollok, K.E. / Wells, C.D. / Meroueh, S.O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: XDS.
著者: Kabsch, W.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9874
ポリマ－53,4282
非ポリマー5592
水1,13563
1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9942
ポリマ－26,7141
非ポリマー2791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9942
ポリマ－26,7141
非ポリマー2791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.757, 61.226, 79.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 26714.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-HUY / 1-(2-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}phenyl)ethan-1-one


分子量: 279.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12F3NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4-2.8 M sodium formate, HEPES, pH 7.2- 7.4 / PH範囲: 7.2 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年5月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→48.17 Å / Num. obs: 20219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.198 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2112 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.76 / Rrim(I) all: 1.423 / Χ2: 0.96 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EMV

5emv


解像度: 2.43→38.89 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1034 5.14 %
Rwork0.2205 --
obs0.2228 20132 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→38.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 0 63 3515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6014783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7162091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.55810.37561540.34492690X-RAY DIFFRACTION98
2.5581-2.71830.36651540.30542681X-RAY DIFFRACTION99
2.7183-2.92820.35431540.28262711X-RAY DIFFRACTION100
2.9282-3.22270.34071510.25292720X-RAY DIFFRACTION100
3.2227-3.68870.2541540.21552728X-RAY DIFFRACTION100
3.6887-4.64620.21331310.17352760X-RAY DIFFRACTION100
4.6462-38.8950.22191360.19752808X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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