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万見
- PDB-6e57: Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+57
タイトルBacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B in complex with mixed-linkage heptasaccharide
要素surface glycan binding protein B
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / mixed-linkage beta-glucan / surface glycan binding protein / Bacteroides
機能・相同性Immunoglobulin-like fold / beta-cellopentaose / PHOSPHATE ION / PKD domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118475 米国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: Surface glycan-binding proteins are essential for cereal beta-glucan utilization by the human gut symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Tamura, K. / Foley, M.H. / Gardill, B.R. / Dejean, G. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E. / Louise Creagh, A. / van Petegem, F. / Koropatkin, N.M. / Brumer, H.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: surface glycan binding protein B
B: surface glycan binding protein B
C: surface glycan binding protein B
D: surface glycan binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,88528
ポリマ－182,7134
非ポリマー4,17224
水2,522140
1
A: surface glycan binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0349
ポリマ－45,6781
非ポリマー1,3568
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: surface glycan binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0255
ポリマ－45,6781
非ポリマー3474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: surface glycan binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9728
ポリマ－45,6781
非ポリマー1,2947
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: surface glycan binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8546
ポリマ－45,6781
非ポリマー1,1765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.438, 243.652, 76.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質
surface glycan binding protein B


分子量: 45678.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02744 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LY28
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 161分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: JCSG Plus screen in C5 (0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 0.1M sodium HEPES pH 7.5)
Temp details: room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→78.34 Å / Num. obs: 78048 / % possible obs: 97.74 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1238 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 2.71→2.807 Å / Rmerge(I) obs: 0.8111 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 7714 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 98.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.71→78.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 25.517 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.27
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 3927 5 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.1965 74118 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.11 Å2 / Biso mean: 56.498 Å2 / Biso min: 24.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→78.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11933 0 260 140 12333
Biso mean--74.86 43.78 -
残基数----1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01412401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8611.68716937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6981.6625572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8351557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00224.93570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.351151964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0041536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0213711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.576323329
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.2865103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.727523158
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 303 -
Rwork0.322 5389 -
all-5692 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7180.5414-0.44081.0344-0.39670.44580.027-0.1561-0.16750.0715-0.00530.08730.13220.1129-0.02170.150.0291-0.08220.06070.05930.1695-37.009731.5674-13.9335
20.8531-0.2527-0.67870.41140.73611.9040.07650.3672-0.2157-0.12980.0338-0.05220.0082-0.0896-0.11030.2068-0.0979-0.0920.321-0.04930.189-0.812447.61131.4166
32.97970.89610.26590.4520.06730.2218-0.0078-0.0682-0.53070.02770.0735-0.27710.16360.025-0.06570.2399-0.0177-0.10540.0958-0.00880.21389.700734.996117.9525
42.8201-0.907-0.71150.44550.11850.578-0.05020.3007-0.4567-0.1119-0.03530.21910.1205-0.09740.08550.1746-0.0468-0.080.0739-0.06650.2001-49.782229.3961-32.1477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 420
3X-RAY DIFFRACTION3C32 - 505
4X-RAY DIFFRACTION4D33 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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