PDB-6e4p: Structure of the T. brucei RRM domain in complex with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e4p

タイトル

Structure of the T. brucei RRM domain in complex with RNA

要素

RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
RNA-binding protein, putative

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RRM / TbRGG2 / kRNA editing / trypanosome / kinetoplastid / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial mRNA processing / mitochondrial mRNA editing complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / kinetoplast / RNA processing / mRNA binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: The RRM of the kRNA-editing protein TbRGG2 uses multiple surfaces to bind and remodel RNA.
著者: Travis, B. / Shaw, P.L.R. / Liu, B. / Ravindra, K. / Iliff, H. / Al-Hashimi, H.M. / Schumacher, M.A.

履歴

登録	2018年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e4p.cif.gz	262.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e4p.ent.gz	213.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e4p_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e4p_full_validation.pdf.gz	486 KB	表示
XML形式データ	6e4p_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6e4p_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e4nSC 6e4oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kcy-d 2zzs-20 4z89-4 2zzs-12 6kvb-d 2zzs-5 6tq0-7 2zzs-30 4ou0-d 2zzs-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

J: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

K: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

A: RNA-binding protein, putative

B: RNA-binding protein, putative

C: RNA-binding protein, putative

D: RNA-binding protein, putative

E: RNA-binding protein, putative

F: RNA-binding protein, putative

G: RNA-binding protein, putative

H: RNA-binding protein, putative

I: RNA-binding protein, putative

72.5 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

J: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

C: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
8.98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

B: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
8.98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: RNA-binding protein, putative

登録者が定義した集合体
7.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.123, 126.297, 49.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPU)-3') 分子量: 1179.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#2: タンパク質	RNA-binding protein, putative 分子量: 7798.736 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q389P7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: citrate as precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→35.661 Å / Num. obs: 38345 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.93 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.04 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.949→2 Å / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.28 / R_sym value: 0.351

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E4N

6e4n

解像度: 1.949→35.661 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1991	5.2 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.183	38264	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.48 Å² / B_iso mean: 30.01 Å² / B_iso min: 11.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.949→35.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4883	122	0	314	5319
B_iso mean	-	-	-	34.71	-
残基数	-	-	-	-	637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	6912
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.603	1833

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9492-1.9979	0.2786	147	0.2165	2536	2683	99
1.9979-2.052	0.2789	139	0.206	2632	2771	100
2.052-2.1123	0.2457	137	0.1944	2561	2698	100
2.1123-2.1805	0.2314	130	0.1868	2605	2735	100
2.1805-2.2584	0.2403	146	0.1892	2593	2739	100
2.2584-2.3488	0.2451	137	0.1886	2604	2741	100
2.3488-2.4557	0.2645	141	0.1897	2582	2723	100
2.4557-2.5851	0.2378	143	0.1897	2590	2733	100
2.5851-2.7471	0.2536	149	0.1964	2571	2720	100
2.7471-2.9591	0.2422	150	0.1929	2599	2749	100
2.9591-3.2567	0.2367	140	0.1978	2598	2738	100
3.2567-3.7275	0.2019	153	0.1687	2584	2737	100
3.7275-4.6945	0.2016	151	0.148	2597	2748	100
4.6945-35.6674	0.2124	128	0.1787	2621	2749	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.5139 Å / Origin y: -26.5283 Å / Origin z: 35.8948 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0806 Å²	-0.0049 Å²	-0.0036 Å²	-	0.0858 Å²	-0.0004 Å²	-	-	0.0732 Å²
L	0.1123 °²	0.0479 °²	-0.048 °²	-	0.1148 °²	0.122 °²	-	-	0.0563 °²
S	-0.0034 Å °	0.0375 Å °	0.0028 Å °	-0.0137 Å °	0.0158 Å °	-0.0292 Å °	-0.0229 Å °	0.0028 Å °	-0.0003 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 3
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1 - 3
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Z	1 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	200 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	201 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	202 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	199 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	200 - 269
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	199 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	200 - 269
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	199 - 269
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	199 - 269

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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