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- PDB-6e4h: Solution NMR Structure of the Colied-coil PALB2 Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4h
タイトルSolution NMR Structure of the Colied-coil PALB2 Homodimer
要素Partner and localizer of BRCA2
キーワードONCOPROTEIN / Antiparallel Coiled coil / Homologous recombination / DNA Damage Repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Homologous Recombination (HRR) / post-anal tail morphogenesis / DNA repair complex / inner cell mass cell proliferation / mesoderm development / embryonic organ development / somitogenesis / animal organ morphogenesis ...Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Homologous Recombination (HRR) / post-anal tail morphogenesis / DNA repair complex / inner cell mass cell proliferation / mesoderm development / embryonic organ development / somitogenesis / animal organ morphogenesis / double-strand break repair via homologous recombination / multicellular organism growth / in utero embryonic development / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Partner and localizer of BRCA2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Song, F. / Li, M. / Liu, G. / Swapna, G.V.T. / Xia, B. / Bunting, S.F. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI RO1-CA190858 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM120574 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Antiparallel Coiled-Coil Interactions Mediate the Homodimerization of the DNA Damage-Repair Protein PALB2.
著者: Song, F. / Li, M. / Liu, G. / Swapna, G.V.T. / Daigham, N.S. / Xia, B. / Montelione, G.T. / Bunting, S.F.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Partner and localizer of BRCA2
B: Partner and localizer of BRCA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8962
ポリマ－15,8962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, X-filtered Noisy experiment shows the two chains of the homodimer to be oriented anti-parallel to each other. N15 T1/T2 measurements demonstrate it's a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11730 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Partner and localizer of BRCA2


分子量: 7948.166 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Palb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3U0P1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D TROSY-HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D TROSY-HN(CO)CA
141isotropic13D TROSY-HNCA
151isotropic13D TROSY-HN(CO)CACB
171isotropic13D TROSY-HN(CA)CB
1151isotropic13D TROSY-HNCO
161isotropic13D TROSY-HBHA(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D CCH-TOCSY
191isotropic1AROMATIC CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-13C NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic13D simultaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1142isotropic1X-filtered NOESY (pulse sequence: noesyhsqcgpwgx13d)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PALB2cc, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM Calcium Chloride, 10 mM DTT, 10 % DSS, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution21 v/v [U-100% 13C; U-100% 15N] PALB2cc, 2 v/v unlabeled PALB2cc, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM Calcium Chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 10 % DSS, 90% H2O/10% D2Oxfd_sample90% H2O/10% D2O1:2 sample of 13C,15N enriched to unlabeled (natural abundance) protein. This sample used to identify the dimer interface in PALB2cc using 13C filtered NOESY experiments ( pulse sequence: noesyhsqcgpwgx13d)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMPALB2cc[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMCalcium Chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
10 %DSSnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
1 v/vPALB2cc[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 v/vunlabeled PALB2ccnatural abundance2
20 mMMESnatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMCalcium Chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
10 %DSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardpeak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AVSMoseley and Montelionechemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8 / 詳細: molecular dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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